过度使用未经无害化处理的粪便会危害农作物、土壤、地表水和地下水水质。在某些情况下(通常是新鲜粪便)有烧苗现象;大量使用粪便也能引起土壤中溶解盐的积累，使土壤盐分增高，植物生长受影响。
1、传染病虫害
家畜农家粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。
2、施入土壤二次发酵导致烧苗
发酵不充分的家畜农家粪施到地里后，当地温升高达到发酵条件时，便开始发酵，若发酵部位根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长导致烧苗，严重时导致植株死亡。
3、导致果树烂根，黑根
家畜粪普遍是强酸性肥料(PH值为3.6~4.7)，施用酸性家畜粪，易造成烂根、黑根、黄叶、早衰、黄化病，严重时导致植株死亡。
4、易产生毒气危害
生粪在分解过程中易产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。
5、土壤缺氧
生粪中有机质在分解过程中易消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
6、肥效缓慢
未发酵腐熟的家畜粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
7、重金属超标危害
随着集约化、规模化养殖业的快速发展，一些重金属元素等被广泛应用于饲料添加剂，加之微量元素在动物体内生物效价很低，大部分都随畜禽粪便排放到环境中，造成土壤的重金属污染，其中的重金属元素在土壤-水-植物系统中积累转化，激素残留。
8、存在利用不便、效率低等问题
生粪未经处理，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
9、氯化钠(食盐)超标
据统计每立方米的家畜粪就含有5公斤的氯化钠(盐)，如果一亩地的氯化钠含量超过10公斤，作物将极难生长。
综合以上，我们在施用农家粪时一定要经过无害化发酵处理!
