土壤是蔬菜优质高产最重要的一个物质基础，一旦土壤结构、土壤耕作层糟到破坏，土壤恶化了，种植蔬菜就成了无本之木，无源之水，不仅蔬菜难以获得高产，还会降低棚室的使用寿命。
土壤结构的改良
(1)秸秆
尤其是针对7-10年的棚室，秸秆的效果非常好，比单独使用有机肥效果更好。现在很多菜农还在使用未腐熟的粪肥作为有机肥，危害比较大。不管是鸡粪、牛粪，使用时可以通过加入秸秆腐熟发酵。
以鸡粪为例，里面含有丰富的有机质及氮磷钾，一层鸡粪加一层秸秆，剁在一起腐熟发酵，既能把鸡粪里的盐分降下来，还能把更多的有机质腐熟出来，同时高温发酵可以消灭一大部分病原杂菌。
土壤盐渍化严重的地块，可以大量使用秸秆，秸秆腐熟的过程能吸收一部分盐分，降低土壤的盐渍化。
(2)土壤调理剂
改良土壤生物性状，一定要从根本上入手，最好的办法就是以菌治菌。要想提高作物产量，需要向土壤内添加生物菌剂(生物菌肥)。
