第二阶段是收入补贴阶段。第二次世界大战结束后，虽然农场数量和农业生产在国民经济中的比重都在持续下降，但是由于农业机械化的推广使用导致农业生产力大幅提高和剩余农产品增加，农民收入锐减。在这样的背景下，美国农业补贴由第一阶段价格补贴转变成收入补贴。以1965年美国的《食品和农业法案》为始点，虽保留产量控制，但减少价格补贴，开始侧重采取收入补贴。
第三阶段是收入价格补贴阶段。在日益发达及完善的市场经济下，美国将其农业补贴法制化，利用法律手段实施农业补贴，克服了资源分配不均以及带来的价格扭曲等负面影响。具体法律如下：1985年的《农业安全法案》、1990年的《食品与农业贸易保护法案》和1996年的《联邦农业促进与改革法案》。
我国主要农业补贴政策
我国现代农业补贴政策始于20世纪50年代末。经历了三年大灾害，我国粮食减产明显，为了保障国民口粮，我国开始实施对国营拖拉机站的“机耕定额亏损补贴”。之后随着改革开放，农村承包土地制的改革大大提高了农民生产积极性，农业补贴政策也与时俱进，渐渐过渡到农用生产资料的价格补贴等方面。
到了20世纪80年代，国家主要采取工农业产品价格剪刀差政策，即压低农业产品价格，提高工业产品价格以形成价格差补贴工业，促进工业的发展，因此这个阶段财政上的农业补贴较少，主要有对粮食的“超购加价”、“粮（棉）肥挂钩”等形式。进入21世纪，我国积极与WTO主要成员国谈判，最终于2001年加入WTO国际贸易组织。而以主要发达国家为首的WTO成员国则要求中国遵循WTO规则，放开中国农业市场。因此我国于2002年进行了粮食直接补贴试点，2004年实施了粮食最低收购价、临时收储和直接补贴等一系列农业支持政策。
总结了在WTO规则下，各主要成员国本着保护本国农业免受其他国农产品冲击，拓展国际农产品市场的原则，纷纷对农业生产资料进行补贴。发达国家主要运用“绿箱”政策，即减少农产品价格补贴和出口补贴，增加农民收入的直接补贴以及农业生产要素和农业生态等方面的补贴，尤其在农业保险方面，美国远远领先WTO其他成员国，使其农业免受天灾人祸，保障了农民收入的稳定，农民抗击风险能力很强。另外，美国还以立法形式保障农业补贴的持续性、合理性以及政策的预期性，推动美国农业的快速发展，农业产业结构合理。而发展中国家印度主要运用“黄箱”农业补贴政策对农业进行补贴，不过其效果大打折扣，该政策扭曲了生产资料的价格，农产品市场处于“市场失灵”，导致农业产业发展停滞不前。
对于我国来说，现有国家最低价格收储、临时收储政策已难于适用。一方面国内农产品价格远远高于国际市场价格，已完全丧失价格竞争优势；另一方面农产品中下游产业则苦不堪言，因原材料高于国际市场，加上人民币升值，人口红利丧失等因素，出口优势明显削弱，经营压力堪忧，以棉花为代表的中下游产业企业尤甚。因此，我国需要借鉴其他WTO主要成员国的先进经验，结合我国实际情况，具体以棉花作为大宗商品实行“直补价格”的改革契机，努力优化农业补贴政策来推动农业的发展，提高农业效率，以实现农业产业化升级，拓展国际市场。
