土壤连作障碍最主要的表现形式就是土传病害的暴发，因此这里以土传病害的暴发为例，阐述土壤连作障碍的生态恢复。
一、土壤连作障碍生态恢复的一般程序
土壤连作障碍修复要遵循一定的程序，一般包括：
①了解农田的种植历史、农田施肥及农药使用等农事活动、土壤特征，以及农作物、其他植物、微生物关系，分析连作障碍发生的原因;
②针对土壤连作障碍进行样方(实验区)试验，进行土壤改良和作物品种改良，控制土传病原菌传播并合理灌溉;
③进行恢复后评估及改进。
二、土壤连作障碍生态恢复的措施
土壤连作障碍生态恢复的措施主要有：
①模仿自然生态系统，降低化肥投入;
②改种抗性品种、轮作、间套作;
③休耕，深翻，大量增施有机肥，改良土壤质地;
④利用土壤熏蒸剂、化学杀菌剂、生物防治菌剂及生物有机肥等：
⑤建立农具等防护消毒体系，以防病原菌扩散传播。
三、土壤连作障碍生态恢复实例
在海南乐东针对连作障碍土壤进行长期修复的试验结果表明，针对不同发生程度的连作障碍土壤，建立不同的生态恢复策略，可有效防控香蕉的土传枯萎病的发生。
①针对轻度发病蕉园或新垦地，采取大量施用生物有机肥的策略，可通过调控土壤微生物区系，提升土壤抑病能力，将再植蕉的枯萎病发病率控制在10%以下。
②针对中度发病的蕉园，采取土壤熏蒸联合生物有机肥施用的策略，“重构”土壤微生物区系，提升土壤抑病能力，将再植蕉的枯萎病发病率控制在15%以下。
③针对重度发病的蕉园，采取轮作联合生物有机肥施用，通过轮作改良土壤微生物区系，并通过生物有机肥的施用，抑制病原尖镰抱菌的存活，提升土壤抑病能力，将再植蕉的枯萎病发病率控制在15%以内。
