微生物菌肥是用鸡粪，猪粪等动物粪便或者农作物秸秆充分发酵腐熟制成有机肥，然后加入一些有益的，活的微生物菌种，与有机肥混合，要求微生物活菌含量2千万个/克。菌肥里的菌种一般是复合菌种，有固氮，解磷解钾等作用。
微生物菌剂，实际上就是高浓度的菌种，菌剂施在土壤中，仍然需要有机质才能起作用，微生物菌剂是为了减少运输成本，方便运输和保存。微生物菌剂的活菌含量要求达到2亿/克。
微生物菌肥与微生物菌剂有一些共同之处：
一、有益的微生物必须是活菌，施入土壤才能起作用。
二、菌肥和菌剂都不能与杀菌剂混用，杀菌剂既能杀有害菌，也能杀有益菌，杀菌剂与菌剂或者菌肥混用，会使杀菌剂和菌剂或者菌肥都起不到该起的作用。
三、菌肥或者菌剂使用时都不能暴露的太阳下，必须用土覆盖，因为太阳光的紫外线有杀菌作用，会杀死生物菌。
四、温度过高。超过三十八度，或者过低，低于十五度，都不利于生物菌的繁殖，所以一般冬天或者早春时在露地上使用，效果不佳。
五、菌肥或菌剂施入土壤，必须覆土，浇水。
六、菌肥或者菌剂不能与大量化肥同时使用，应该错开使用。高浓度的化肥会抑制甚至杀死微生物活菌。
七、菌剂或者菌肥最好能在作物根系周围集中使用，使微生物在作物周围集中繁殖，不要随水冲施，随水冲施大大稀释了微生物菌种的浓度，微生物菌种在土壤中的密度不够，起不到抑制有害菌的作用。
微生物菌肥和菌剂的不同之处：
一、微生物菌肥，是一种含有有益菌的有机肥，施入土壤后，在合适的水分，温度下快速繁殖，在生物菌和有机肥的作用下，能培肥地力，改善土壤结构，增加作物产量。
二、微生物菌剂，是一种单纯的生物菌，土壤中必须有一定的有机质，菌剂才能发挥作用。微生物菌剂一般按比例稀释后，集中施于作物根部，能抵抗多种作物病害，尤其是重茬病等多种土传病害，
三、微生物菌肥的执行标准是0·2忆个/克活菌，微生物菌剂的执行标准是2忆个/克活菌。
在选择微生物菌肥或者菌剂时，一定要看出厂日期，出厂日期越近越好，因为微生物的活性会受气温，水分，储存运输等因素的影响而失去活性，而微生物的活性，我们肉眼又无法分辨，只有施入土壤中一段时间后，有没有效果才能知道。使用选购菌肥或者菌剂，最好选本地正规厂家一个月内生产的产品，微生物菌的活性是有保障的。
