作为个体虽小，但种类多、繁殖快、数量多的原核单细胞生物，细菌的分布可谓广泛，在土壤中，细菌在土壤微生物总数量的70%~90%。
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土壤中的细菌大部分都要依赖分解有机物质以获取营养和能量，属于腐生细菌。如氨化细菌、纤维分解细菌、磷细菌等。
有些属于化能自养细菌，靠氧化无机化合物取得能量。如硫细菌、硝化细菌、铁细菌等。
有能与植物共生的共生细菌，如共生固氮细菌、内生菌根真菌、外生菌根细菌等。
还有光能自养细菌，能靠吸收光能生存，如蓝细菌等，靠体内色素吸收光能。
另外，有研究表明，长期施肥会影响细菌的多样性、群落结构及数量等。
