施用生物菌肥不仅可以活化土壤中被固定的营养元素，且有利于根系的生长，但前提是根据不同的土壤环境而定，否则很可能花了钱却得不到效果。所以在施生物菌肥时，务必检测土壤的湿度、温度和酸碱度，确保施肥效果事半功倍。
土壤湿度
土壤含水量过大或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为生物菌肥中含有的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水。浇水后最好进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
土壤温度
生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃～25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，大棚蔬菜施入菌肥后要注意调控好地温，一般棚内气温白天应保持在25℃～30℃，夜间棚内温度低，为避免地温散失，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
土壤酸碱度
土壤pH值在6.5～7.5时最适合生物菌的繁殖，可根据土壤的实际情况进行改造，以保证生物菌大量繁殖。
