沼气肥在水果种植中，具有培育树势茂盛，叶色浓绿，病虫害明显减少，果实味道纯正，比施用化肥的可增产30%～50%的特点。柑桔叶面喷施沼液可提高产量，有效提高果树抗寒防冻能力，同时提高座果率，防治病虫害，减少农药、化肥用量。沙田柚施用沼气肥，酸度降低，果肉可食率和糖分明显提高。施用沼气肥种植西瓜，与施化肥对比，亩施沼气肥3000公斤可增产360公斤左右，差异极显著，同时西瓜甜度提高，瓜地连续使用3年沼气肥，能有效防治西瓜枯萎病。
改良土壤长期使用沼气肥，可以疏松土壤，有利于土壤微生物的活动和土壤团粒结构的形成，增加土壤有机质含量，丰富土壤氮、磷、钾养分，激活土壤中的微量元素和微生物。实践证明，沼气肥既是优质的有机肥料，又是良好的土壤改良剂。
防治病虫害沼气发酵液既可以叶面喷施，也可以浸种，达到防治病虫害的目的;和某些化学农药配合施用，既可减少农药的用量，又比单施化学农药具有更好的效果。
