长期以来，户籍直接与教育、社保、医疗等诸多福利挂钩，城乡户籍之间的福利差别较大。户籍制度改革就是要实现公共服务均等化，让进城的外来务工人口享受同等的城市公共服务和社会保障。这需要巨大投入，成为制约户籍制度改革深化的一大障碍。数据显示，2012年农民工人数为2.63亿，未来十年可能还会有1.3亿人进入城镇。将这约4亿规模的人口进行城镇化所需要的成本高达40万亿元。如果分摊至15年，平均每年需2.67万亿元。
业内人士预计，改革不会一次性将外来人口全部改为城市户籍人口，而是将有序推进：一是分批次地向农民工提供城镇公共服务;二是分项目进行，确定公共服务提供的优先次序。已经对所在地发展做出了一定时期贡献的农民工应优先获得公共服务。基本教育、就业、大病医疗和保障性住房等关系到个人发展和社会稳定的公共服务应被优先提供。
较典型的户籍制度改革案例是郑州。2003年，郑州决定放开户籍限制，吸引更多农民工进城，加快经济发展。改革取得一些成果，8个月内市区人口猛增35万，但人口迅速增加致使城市交通拥挤，教育资源紧张，社保、医疗和治安等压力加大。
中国社科院人口所专家表示，中央政府要提出改革目标和实施时间表，把以户籍人口统计基础的城市化率作为指导性规划下发给地方政府，分人群有条件地设定完成改革的截止期。应明确区分中央和地方在推进户籍制度改革过程中的财政责任，建议中央政府承担义务教育责任，地方政府为社会保障和最低生活保障等生活救助项目埋单。
专家认为，户籍制度改革的成本投入有较长时间分摊期，相当部分不需要即期支付。例如，在城市养老、医疗、教育和就业等方面，养老和医疗是支出大头，但主要转户对象是新生代农民工，大规模资金需求会发生在20年以后。如果制度设计完善，农民转户规模平稳，不会产生大的改革风险。
推动城乡一体化
业内人士称，当前户籍制度改革的一个重要出发点是缩小城乡差距、推动城乡一体化，让广大农民平等参与现代化进程、共同分享现代化成果。一些地方已经在实施的人口登记制度预计将得到进一步推广。中小城镇户籍附着的货币化福利不多，尤其是在那些城乡差别不大的地方，有望率先得到推动。
不过，户籍制度改革不仅仅是身份上的市民化，还需要土地制度改革等其他改革同步推进。专家表示，应当在一段时间内给予进城农民城乡兼有的身份，让农民退可回农村、进可入城镇。一些地方在农民转户后继续保留农村土地承包经营权、宅基地使用权、林地使用权的做法值得借鉴。应设计好农民承包地和宅基地等的退出机制，避免土地“抛荒”现象。
专家表示，从城乡一体化角度看，应推进城乡养老保险、医疗保险的“二险合一”。当前，各地社保自成体系、标准不一、相互割裂，从长远看应建立全国统一的社保体系，只有这样，人口才能真正自由流动。
户籍制度改革还有很长的路要走。中国社科院农发所副所长杜志强表示，任何一个城市都不可能把一个人从生到死都管起来，户籍制度改革的长远目标应当是解决社会保障在城乡之间和城市之间的接续问题。当前社会保障在不同地区之间的碎片化比较严重，可接续能力较差。
中国(海南)改革发展研究院课题组报告提出，明确户籍制度改革的目标与时间表，建议1-2年内剥离户籍的福利分配功能，在中小城镇全面取消户籍制度，建立人口登记制度;3-5年内，除个别大城市外，其他大中城市户籍制度基本放开，全面实施人口登记制度;5-8年内，全面实行以身份证代码为唯一表示的人口登记制度。
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