根据中央的部署和要求，农业部党组在开展深入学习实践科学发展观活动中，将落实党风廉政建设责任制作为重要内容和实践载体纳入总体安排，高度重视、深入发动、全面部署、狠抓落实，扎实推进惩治和预防腐败体系建设，把反腐倡廉工作深入到农业农村工作和干部队伍建设中去，充分发挥保障作用，促进农业农村经济又好又快发展。
高度重视，落实责任。10月20日，中央召开全国落实党风廉政建设责任制电视电话会议，对落实党风廉政建设责任制工作进行部署。会议结束后，农业部党组迅速召开扩大会议，传达学习胡锦涛总书记重要指示和贺国强同志重要讲话精神，研究部署贯彻落实工作。部党组书记、部长孙政才强调，要认真学习、全面贯彻中央精神，紧密结合学习实践科学发展观活动的开展，加强领导，强化责任，突出重点，务求实效，认真落实党风廉政建设责任制，全面加强党风廉政建设，努力开创党风廉政建设新局面。按照《中共农业部党组贯彻落实〈建立健全惩治和预防腐败体系2008-2012年工作规划〉的实施办法》任务分工，各牵头司局进一步分解细化工作任务，制定落实的具体措施。部党组将各单位贯彻落实《工作规划》及实施办法的情况纳入每年组织开展的党风廉政建设责任制专项检查的重要内容，列入对各单位领导班子和领导干部的考核评价范围，作为工作实绩评定和干部奖惩的重要内容，严格责任考核，强化责任追究。
以案为鉴，强化教育。11月5日，农业部举办学习实践科学发展观活动专题报告会，农业部党组成员、驻部纪检组长朱保成作“加强反腐倡廉教育，为推动农村改革发展提供有力保证”专题报告。朱保成指出，要从提高党的执政能力、巩固党的执政地位的战略高度，从加快科学发展、建设和谐社会的要求出发，充分认识新形势下加强反腐倡廉建设的重要性、必要性，以开展学习实践活动为重要契机，认真分析党风党纪和廉政建设方面存在的突出问题，进一步加强教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系建设，为深入贯彻落实科学发展观，推动农村改革发展提供坚强的政治保证。朱保成通过剖析近年来党内发生的腐败案件特别是部系统的一些违法违纪案件，要求以案为鉴，警钟长鸣。朱保成强调要抓好学习教育，构筑党员领导干部的思想道德防线；完善管理制度，真正做到用制度管人，靠制度管权，按制度办事；狠抓责任落实，将党风廉政建设责任制作为深入推进党风廉政建设和反腐败斗争的基础性工作抓紧抓好，切实把农业部反腐倡廉建设提高到新水平。
全面部署，突出重点。11月22－23日，农业部在广东省召开全国农业系统政风行风建设工作座谈会，结合贯彻落实十七届三中全会精神、深入开展学习实践科学发展观活动，对全国农业系统政风行风建设工作做出全面部署。农业部党组书记、部长孙政才出席会议并讲话。他强调，加强农业系统政风行风建设，要着力纠正损害农民利益的突出问题，切实解决好农民群众最关心、最直接、最现实的利益问题。坚决制止损害农民土地承包权益的不法行为，依法切实保障农民对承包土地的占有、使用、收益等权利；切实纠正强农惠农政策落实不到位的问题，在规范操作、加强监管上下功夫，把中央各项强农惠农政策不折不扣地落实到基层、兑现到农户；坚决防止农民负担反弹，完善并严格落实涉及农民负担收费文件“审核制”、涉农税收价格和收费“公示制”、农村公费订阅报刊“限额制”、农民负担“监督卡制”、涉及农民负担案（事）件“责任追究制”五项制度。严厉打击假劣农资坑农害农行为，建立跨部门、跨区域的农资打假工作机制，集中力量重点整治群众反映多、社会反映强烈、市场秩序长期得不到有效治理的地区；大力加强农产品质量安全监管，建立健全农产品质量安全标准体系、检验检测体系和认证体系，加强农药、兽药、饲料和饲料添加剂等农业投入品监控，加强食用农产品污染物监控，强化对认证农产品的监督管理。
农业部党组要求，在开展深入学习实践科学发展观活动中，要全面加强干部队伍思想作风、学风、工作作风、领导作风、干部生活作风建设，弘扬新风正气，抵制歪风邪气，为推动农村改革发展提供坚强的政治保证。要坚持解放思想，推进改革创新，切实做到思想认识有新提高、解决突出问题有新进展、创新体制机制有新突破、促进科学发展有新成效。要坚持一切从实际出发，按客观规律办事。深入基层、深入实际，认真开展调查研究，及时了解和掌握“三农”问题的真实情况和第一手资料。要坚持规范行政行为，加强农业综合执法。尽快扩大综合执法覆盖范围，争取用三年时间，在全国县（市、区）农业部门全面实行综合执法。要坚持面向基层，推进农村党风廉政建设。要坚持党委（党组）统一领导，一把手负总责，班子成员齐抓共管，职能部门各负其责，纪检监察机构协调配合，依靠群众支持和参与的党风廉政建设领导体制和工作机制，逐步完善首问负责制、岗位责任制、服务承诺制、限时办结制等各项责任制，明确责任主体、责任内容、责任分工和责任追究的具体内容，切实做到一级抓一级，层层抓落实，不断把农业部党风廉政责任制建设推向新的更高的水平。
