国家下拨用于支农的各项专项资金，对改善农村的基础设施建设，提高农业科技含量，提高农民生活水平起到了很好的作用。通过近几年对农业专项资金审计情况看，仍有一些问题亟待改善。
一、保证足够经费。为了保证审计结果的真实性，实行上审下或交叉审计，这就需要有足够的经费来保障这项工作的顺利开展，市县两级财政相对困难，而专项经费的检查不仅仅是各级主管部门，大量工作主要在乡镇、村级、以及项目单位，涉及面广、范围大。因此安排此项资金审计调查的同时，应提供相应的保障经费。
二、审计时限的安排应适时。根据近年来的审计情况看，一般都安排在上半年春季期间，有不少项目是季节性的，调查期间既看不到生长，也不知道到结果，甚至项目是否实施均无法落实，所有调查结果只能是看资料、听汇报，使得调查流于形式。
三、审前培训，资料详实。在审计组进点前，上下联动，互通有无，认真学习政策、法规，把第一手资料做扎实，才能取得事半功倍的效果。
