农村土地作为社会生产中最基本的生产资料，在当前因稀缺性和不可再生性越发受到重视，并日益成为社会成员竞相追逐的重要资源。农村土地与社会其它生产资料一样，具备商品的属性，在市场规律的作用下向高产出、高收益部门流动。而农村土地流转的本质就是改善土地资源在农业生产中原有的资源配置状况，提高生产效率。
2011年四川省家庭承包耕地总面积约为5842.31万亩，其中流转面积为1074.4万亩，占全省家庭承包耕地总面积的18.39%，占到了近五分之一的比重，在全国走在前面。
现行农村土地流转存在的问题
流转行为有待进一步规范
很少签订土地流转合同。农户在成立土地合作社或土地股份公司时都会严格执行土地流转相关法律法规，签订规范的土地流转合同，并报土地发包方和乡政府有关部门备案。然而，在土地流转发生于集体经济组织内部时，基本上由口头协议所取代，这为将来引发纠纷埋下隐患。
随意更改土地用途。土地用途中缺乏对土地流入方的生产经营用途进行严格规定，大都止步于“不改变土地的农业用途”和“不违反基本农田保护条例”。对于土地质量的保护，即便在流转合同中有涉及，但在实际中也往往缺乏必要的质量监督、检测和相应的惩罚机制。
土地流转双方对流转期限的分歧较大
一方面，作为土地流出方的农户，出于各种原因他们大多都只愿意将土地在一个较短的期限内流转。另一方面，作为土地流入方的主体，却因为农业生产的投资回报周期较长，且面临较高的前期投入，而要求获得较长的流转期限，降低自己的交易成本。
然而，较短的流转期限则导致不可能对土地进行长期投资，只能通过对土地的掠夺式生产经营获取较高的短期回报。这不仅没有达到改进农业生产方式、提高农业生产效率的土地流转政策初衷，反而影响了农业生产的可持续发展。
农村土地流转中收益分配机制不完善
农户难以保障自己应得利益。农户在股份公司中的利润分配方案中处于弱势阶层，既缺乏话语权，又缺乏必要的财物知识去检查公司财物报表，更难参与公司的经营管理。股份公司是否盈利、是否分红、分红比例的确定，农户都只能“听天由命”，难以保障自己应得利益。
粮食直补政策要重新审视。旨在提高农户种粮积极性的粮食直补，时至今日已毋庸置疑地成为了一种“普惠制”，对鼓励农户扩大粮食种植面积没有多大作用，土地流转后的粮食作物种植者亦无法享受到实惠。同时旨在鼓励土地流转以促进粮食作物规模化生产的“种粮大户补贴”，在部分地方也通过增加土地流转租金的方式转为土地流出主体所有，这既违背了补贴政策的初衷，又打击了土地流入主体的流转积极性。
土地流转双方收益差距大易发租金的纠纷。一般情况下，土地流转的租金会略高于农户流转前自己的生产经营所得。然而土地流转后，新的生产经营者在不违背国家相关政策的基础上，合规调整农作物种植结构、改进生产方式、拓展销售渠道、挖掘农产品附加值，取得的收益可能是流转前的几倍。而这种增值收益由土地流入主体独享，往往会引发流转双方关于上涨流转租金的纠纷，并导致土地流入主体在希望扩大生产规模时面临更为高昂的土地流转租金。
部分合作社名存实亡
一方面，由于合作社内任何单个社员都不拥有相对于其他成员对生产资料的排他性使用权、收益权和处置权，因而公有财产收益或损失对每个社员都有很强的外部性。这种外部性随合作社成员的扩大而加强，导致合作社成员的劳动积极性降低、劳动监督成本增加。另一方面，部分合作社在成立之初就受限于自然条件，本不适宜于规模化生产，却因为诸如“政绩”等原因而“被合作社化”。
将来谁来种粮？
这是四川省众多地区所呈现出的现状：土地流转前耕种者多为老人和妇女。土地流转后，农村劳动力进一步得到解放，更多的青壮年去城市务工以获得更高的非农收入，无论是留在农村继续耕种自己所有承包地的个体农户，抑或返聘到种植大户、农业园区、土地股份公司务工的劳动力，依旧是以老年人和妇女为主力军。现在的年轻人都出去打工赚钱，已经几乎没有谁愿意种地，甚至越来越多的年轻人不会种地，将来谁来种粮？
