沼肥在种植业上的应用越来越受到人们的重视，已被广泛应用在农业生产中。但是，如果施用方法不合理、比例不当，沼肥不但不能发挥应有的作用，还会对农产品的产量、质量产生影响，加剧农业生态条件的恶化。施用沼肥时应注意以下几点。
首先，沼液应取自正常产气一个月以上的沼气池，否则会因为发酵不成熟而对植物产生危害。在没有检测仪器的情况下，判断沼液能否使用的简单方法就是观察沼气的燃烧情况，凡沼气燃烧时火苗正常、不脱水、没有臭味时表明沼气发酵正常，这种沼液可以浸种。
其次，沼液要澄清过滤好，以防堵塞喷雾器。沼液浸种时间不可过长，以种子吸足水为好。沼液浸过的种子，应用清水淘净。沼渣不要出池后立即施用，一般应先在储粪池中存放2天-3天；沼渣与磷肥要按照10:1的比例堆沤5天-7天后再用。
第三，沼液要兑水后再进行追施，否则会使作物出现灼伤现象。喷施时以叶背面为主，春季、秋季和冬季上午露水干后进行，夏季则以傍晚为好。
