市场上存在形形色色的菌肥，有质量好的，又有孬的，由于石油价格的高企，运费越来越贵，从别处拉大量的肥料来施肥，已经越来越不划算了，而采用发酵剂就地取材一般来说，决定肥料质量的因素主要有三方面：第一、原料的质量；第二、发酵剂的品质；第三、发酵工艺的控制。
作为菌肥的原料来源广泛：有畜禽粪便、秸秆、树皮、淤泥等等，而其中以畜禽粪便最好。
发酵剂有市场上销售的，也可以自己采集制作，但建议用品牌厂家的发酵剂，因为他们有成熟完善的发酵工艺和严密的菌种体系。如北京华夏康源的金F宝贝肥料发酵剂，复合了大量功能微生物，菌种发酵能力极强，几乎能发酵一切需要发酵的物料，操作非常简单。
发酵工艺的控制，一定要按照厂家的要求来操作，如是否要保持严格厌氧，是否要进行通风好氧发酵等；水分是否有严格要求；是否要加辅助剂等。采用金F宝贝发酵床对各种物料的水分要求大致在60%-70%之间，采用好氧发酵，不需要加入红糖水等辅料。
