第一、没有获得农业部登记证的微生物肥料不购买
规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，充分证明其效益、无毒、无害后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证，正式登记证有效期5年。没有获得农业部登记证的微生物肥料，质量有可能有问题，不要购买和使用。
第二、有效活菌数达不到标准的微生物肥料不购买
规定微生物菌剂有效活菌数2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
第三、存放时间超过有效期的微生物肥料不使用
我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。
第四、不乱存放，乱使用微生物肥料
要按照存放条件和使用方法的规定保存和使用，微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，不能与某些化肥和杀菌剂混合，在使用微生物肥料时必须按产品说明书进行科学保存和使用
