按肥料性质科学选用复合肥目前市场上销售复合肥料有相当部分不符合国家DB15063-94标准。国家标准规定，复混肥(复合肥)有效养分含量，高浓度氮磷钾总量≥40%，低浓度氮磷钾含量≥25%，不包括微量元素和中量元素；水溶性磷含量≥40%，水分子含量低于5%；粒径为1～4.75毫米等。所以选购复合肥时除了看商标和养分含量外，还需注意厂家和产地。
按作物品种科学选用复合肥一般大田作物选用氮磷钾复合肥，小麦高产田应选用氮磷钾三元复合肥；小麦、水稻、谷子等密植作物，适宜用粉状复合肥；稀植中耕作物如玉米应选用颗粒状复合肥；蔬菜尤其是果菜和根菜类及果树等经济作物需肥较多，应选用含钾较高、低氮的氮磷钾复合肥。
按土壤性状科学选用复合肥对微碱性、有机质含量偏低(土壤pH值一般为8.0左右)、有效氮和磷缺乏的土壤，一般应选用酸性复合肥，如磷酸一铵或腐植酸类氮磷钾复合肥、氮磷复合肥为宜。但对少数红黏土或酸性棕壤土应选用碱性复合肥，如磷酸二铵等。
按施肥方法科学选用复合肥为提高复合肥的肥效，不同施用方法应选不同剂型复合肥。作基肥施用时必须选用颗粒状复合肥，而且颗粒的硬度愈高愈好，肥效最长。选用复合肥中氮素由铵态氮配成的复合肥，有利提高氮素的利用率。如作追肥施用则应选用粉状复合肥，而且要注意复合肥磷素中的水溶性磷含量应大于40%，氮素则由铵态氮和硝态氮两种类型氮组成的复合肥为宜。一般基施腐植酸类复合肥的效果优于追施效果。
