中国农业发展尽管取得了令人喜悦的成绩，但面临的挑战也不容小觑。
1．农业资源匮乏制约了未来农业的增长
中国农业发展所依赖的农业资源总量位居世界前列，但是人均占有量大大低于世界平均水平，并且日益减少，前景堪忧。据估计，在北方缺水地区，地表水的利用率已达43％～68％，地下水资源开发率已达40％-84％，由于对地下水的过度开采和农田大面积的漫灌，使得地面沉降，周遭的江河湖泊断流枯竭，水资源日趋贫乏，农田得不到充足的灌溉。另外，水资源的污染正在急剧扩大，致使能作为资源的水正在迅速缩减。今后，随着人口的增长和工业化的发展，对农业资源占用还会进一步扩大，资源对中国农业发展的约束作用将会增强。
2．农民收入增长停滞、徘徊，城乡差距日益扩大
从1997年到2002年的6年时间里，农民的收入增长没有一年超过5％，而城镇居民家庭人均收入增长率只有1995—1997年3年间略低于5％。如果考虑到农民收入中有近40％的实物折算，并且还须扣除必需的生产性开支，而城镇居民的隐性福利和补贴的实际存在，专家估计城乡居民的消费水平差距要达到6：1。即便不考虑通货膨胀的因素，农村居民人均收入的绝对数甚至还赶不上1995年城镇居民的收入水平(4283元)。城乡之间El益加深的鸿沟将是影响农业发展、社会稳定的最大因素。
3．从收入结构来看，农民难以从农业中获益制约了农民收入的增长
从农村居民收入结构来看，1995—2006年间，家庭经营纯收人占人均纯收入比重从71.4％下降到了53.8％，工资性收入占人均纯收入比重从22.4％增加到38.3％。一方面，这体现了农村居民收入来源更加多元化了；另一方面，更反映了农业的危机，预示着农业发展的难度。
20世纪90年代末，农村居民家庭纯收入的绝对数连续下降了3年。历史证明，农民生活最好过的时候并非是普遍外出打工的年头，而正是农业方面收入增长迅猛的时期。农业收入的踯躅不前，将是农民生活水平提高的“瓶颈”。
4．国家政府的价值取向限制了农业自我发展的能力
追踪历史，不难发现，不管是国内粮食贸易管制、国家粮食收购和储备，还是最低限度的政府粮食定购等方面，体现的都是政府向工业、向城市倾斜的意志。国家通过工农业产品价格剪刀差无偿地从农民手里拿走的农业剩余过多，影响了农业劳动生产率的提高，制约了农业自我发展的能力。
5．生存压力之下，农民和土地的关系越来越紧张，农耕文明面临消亡的局面
农业文化是中国传统文化的基础和核心，但长期以来，由于政策导向和生存压力所迫，从历史上人与自然和谐共存，农民通过追加农家肥、草木灰等来保持土地可持续的肥力，到现在通过大量施用无机化肥的办法来维持农业生产的高产量，这仅仅意味着掠夺土地技巧的进步，而其实农民并不关心土地的生产力，农民与自然的关系越来越紧张了。
土地从农民的命根子，成为了仅仅是挣钱的一种工具，对资源的掠夺和破坏越来越加剧，在这样的状况下，传统的农耕文明岌岌可危!另一方面，对传统农耕文明的颠覆实质上是对农民生活方式的一种否认。而中国的农业科技推广过程中，宝贵的乡土知识完全得不到重视，科学家和政府联手打造的技术神话让农民越来越自卑，越来越被边缘化，这完全背离了“实现人的发展”的真谛。
6．外来品种对本地品种的影响很大，可能会造成生物多样性的丧失
新中国成立至今，农民越来越依赖外来的技术和品种，田间地头不再看到具有数百年甚至上千年历史的本土品种。事实上本土品种虽然产量要较低一些，却有着政府推广品种所没有的环境效益和选择价值。如早稻，它无需专门灌溉就能成活，而杂交水稻每亩需抽数十立方米水进行灌溉；许多本地玉米几乎从不生虫不用打农药，政府推广的杂交玉米必须多打药、多施化肥才能保证产量。在历史上，生物多样性发挥功效的例子也许更能说明问题：1970年，美国南部地区的玉米由于叶子感染真菌损失超过50％ ，在一种来自墨西哥的野生基因帮助下，才使这场破坏得以中止。然而，现在转基因农作物的大面积推广，有可能导致无法挽回的基因污染和农田生态系统的破坏。
7．盲目追求产量的发展方式引发危机，农业生态环境呈恶化趋势
从8O年代起，中国农村就普遍采用了依靠化肥、农药大量投入的无机耕作技术，这虽然对提高粮食产量，缓解粮食与人口的矛盾发挥了很大的作用，但这种技术也带来了新的环境问题。而且使农业成本越来越高，农产品品质越来越受到市场的冷落，因而目前农业的经济效益与生态效益都比较低下。例如集约化养畜养禽，它曾经极大地提高了畜牧业的生产力水平，但它的弊病也不容小觑。首先，极度拥挤的圈笼式饲养方法为动物保护主义者相当诟病；其次，畜禽粪便严重污染空气和水源，由此带来的损失难以估计；尤为值得注意的是，由于过分依赖抗生素以遏制流行病，以至于在肉、蛋、奶中残留超标，长期食用导致儿童早熟、肥胖的案例并不鲜见。近期禽流感、疯牛病、猪蓝耳病等疫病大面积暴发，这对盲目追求高产的规模化养殖方式无疑敲响了警钟。
现在的农业，从种子、肥料、杀虫剂、除草剂、机械、能源、包装、仓储、运输、加工、销售等等几乎所有的环节都要依赖于外部供给，农业的自然和社会独立性彻底丧失，它的自我稳定功能大大降低，变成了一个高投入、高污染、低产出的依附性、弱质化、在自然和社会两个方面都丧失了可持续能力、需要靠化学品支撑和财政巨额补贴的产业。
