番茄的大多数生理性病害，都与养分条件不适合有直接和间接的关系。如脐腐病与钙 养分缺乏有直接的关系，而畸形的产生等，不仅与养分缺乏有关，还与日照、气温等条件不适合，间接影响养分的吸收，以致产生危害有关。
一，畸形果。
畸形果是在番茄幼苗花芽分化发育过程中发生的，和花芽分化前的养分状况有关。花芽生长点养分积累过多时，容易使花期畸形。养分的积累是由于养分和水分吸收过多，同时土壤环境温度过低，番茄幼苗呼吸消耗较少所造成的。因此，在番茄育苗的花芽分化期，应尽量防止养分和水分太多及土壤环境温度过低。
番茄育苗期间光照不足，吸收养分较少，产生畸形果较少，但是产量也较低，因此要注意光照、温度和养分之间的平衡。设施和露地春早熟栽培番茄的第一到第三花序上，都容易产生畸形果，而秋延后栽培种产生畸形果较少。
二，空洞果。
这是胎座组织生长发育不良，果皮部和胎座种子、胶囊部分隔离间隙太大，种子腔成为空洞而造成的，对果实的重量和质量有很大的影响。有时候植物生长调节剂使用过多，也容易形成空洞果。一般当养分吸收过多，特别是氮肥施用太多，又遇到低温（15℃）时，产生空洞果的比例大。当温度大于12℃时，及时施用氮肥较多，也不容易产生空洞果。此外，胎座的膨大发育也和有无种子有关，因此种子在形成过程中，可以分泌激素，刺激果实膨大。施用植物生长调节剂以后。果实内没有种子形成，也容易形成空洞果。因此，在番茄栽培上，如果使用植物生长调节剂提高坐果率，也应该同时进行震动授粉，使果实内产生少量种子，以减少空洞果的产生。在进行设施番茄栽培时，由于光照不足或者土壤温度过低，根系受到伤害，从而使果实内部不能充实时，都容易形成空洞果。
三，脐腐病。
该病的发生主要是土壤中缺少钙养分，或者是由于番茄植株体内生理性缺钙造成的。大量吸收氮、钾和镁养分，容易产生钙的缺乏。此外，浇水不多，空气干燥时，脐腐病果也形成较多。在番茄栽培种，要防止氮肥施用太多和土壤干旱。在番茄谢花至有过期应喷施0.4%---0.7%氯化钙溶液于果实上。连续阴雨突然晴天后，要注意喷清水和遮光，防治番茄植株萎蔫。
四，网纹果。
番茄果实接近着色期，从果实表面上可以看到网状的维管束。这种情况多出现在春季至初夏时期。尤其是在肥料较多，土壤温度较高，并且土壤水分多的条件下，这是土壤中肥料容易分解，番茄植株对养分吸收迅速增加，果实快速膨大，容易产生这种果实。为了防止网纹果的出现，要注意基肥尤其是氮肥不要施用太多。设施内种植番茄，应该加大通风换气，防止气温太高。
五，主茎异常。
茎的生长点停止生长，茎部产生空洞，或者是生长期中，生长点部肥大带花等表现，在高温干燥、浇水太多、生长发育旺盛时容易出现。这主要是由于茎部缺乏钙素、氮肥施用量过多造成的。因此，浇水要适量或者在地表覆盖稻草、麦秸等，以降低土壤湿度。
