含可溶性铁籽粒的灌溉水中出现非晶形、凝胶状、棕红色、污泥样的沉淀时，表示有含铁的沉淀物。这种含铁污泥可以彻底地堵塞滴头。当地下水放水层施由砂质土壤构成时，或者pH值低于7.0而且是溶解氧较低的井水但含有较多有机淤泥时，容易出现这种问题。这些水中含有溶于水的亚铁离子，同时这些亚铁离子也是污泥的主要构成部分。当水中含有像这些铁细菌时，这些细菌和亚铁离子发生氧化作用生成不溶于水的三价铁籽粒。这些不溶于水的三价铁离子被网状的细菌菌落所包围，这样就形成了含铁的凝胶状污泥，堵塞滴头。
但灌溉水中的亚铁籽粒含量达到0.15--0.22g/m3时就会对滴灌系统带来危害。亚铁离子含量在0.2--1.5g/m3时，滴头会发生中等程度的堵塞，而亚铁籽粒含量超过1.5g/m3，则会对滴头系统造成严重的损害。在实际操作中，除非在用于滴灌之前进行了专门的物理性处理，水中亚铁离子含量超过0.5g/m3时，就不能用于滴灌。
相关试验表明，如果水中亚铁含量低于3.5g/m3，而且pH值低于6.5，通过加氯消毒，就能很好地控制含铁堵塞物的形成。也有报道说，长期使用含铁良高的水底灌溉系统也可能带来损害。一般认为，含铁量高于4.0g/m3的水，就不适合于作为滴灌系统的水源了，因为这种情况相爱需要1个泵将沉降池中的水抽回灌溉系统。为了解决铁对滴头的堵塞问题，考虑到滴灌管内部会发生生物反应，下面的一系列措施通过在我国佛罗里达州的实践证明是有效的：i）利用装有过滤碟片的水力旋流器想管道中注入氯气，以形成微小流量的均一的混合氯气；ii）利用砂质过滤器去除氧化铁沉淀物；iii)使用备用过滤器确保最后过滤后的灌溉水没有含铁沉淀物。这样一个处理系统可以每天成功运转并确保灌溉施肥的安全用水。
