复合微生物菌肥又称复合细菌肥，通常是将各个菌种先单独培养制菌剂，然后进行混合的微生物制品。这种菌肥的特点是可以互为对方提供营养，促进了双方的生长繁殖，在共同作用下，为作物增加了多种营养。复合微生物菌肥适用于各种作物，其施用方法、用量要按照该肥料的说明。复合微生物菌肥是含多种有益微生物的生物制品，所以其优点是作用全面，既可改善作物营养，又能促生、抗病，还能增强土壤生物活性，同时各菌种间可相互促进。所以，复合微生物菌肥的适应性和抗逆性都很强，肥效持久、稳定，是微生物肥料发展的方向。
复合微生物菌肥的菌种选择必须遵守的原则是要求其中的各种微生物批次间没有拮抗作用，最好有促进作用。一种复合微生物菌肥通常以1--2种微生物为主，配合其他种类，加以抗生菌为主的复合微生物菌肥可以配合固氮菌等；以固氮菌为主的复合肥可以配合康盛君、磷细菌、硅酸盐细菌、棕色固氮菌等组成。配制复合微生物菌肥除选用多种菌种组合外，最好还选用同一菌种中具有侵染力强、结瘤率高、固氮效率高、适应性强、繁殖速度快、抗逆性强等优点的多种菌株，以取长补短，互相促进，提高固氮作用。配制复合微生物菌肥还必须坚持田地制宜的原则，要选择适应当地条件、肥效高的菌株配合。
传统的复合微生物菌肥有的是将微生物和大量元素混合，有的与微量元素混合，也有的与稀土元素或植物生长激素混合。现已研究将一种微生物与其他营养物质复配的新型复混微生物肥料。无论哪一种复配方式，都必须注意复配制剂中的pH、盐分或复配物本身都不能影响微生物的存活。
复合微生物菌肥只有满足各种有益微生物生长发育的条件，如有机质丰富、适量的磷肥、适宜的酸碱度和水分、温度等，才能充分发挥其增产作用。复合微生物菌肥最好将菌液接种到有机肥料中，混匀后施用；也可将菌肥接种到有机肥料中堆制扩大一周左右，再拌入大量有机肥料施用。拌后要立即施用，堆放过久会损失养分。复合微生物菌肥可作基肥、追肥，一般每亩施10千克。
复合微生物菌肥具有防病、增产的双重效果，适用于蔬菜、经济作物和粮食作物，可做叶面喷施，浸种之用。叶面喷施：每亩用原液50g兑水40L一次喷施。喷施时间以苗期、开暑期及植物生长旺盛期喷洒为最适宜。浸种时将原液稀释300倍，以浸没种子为宜，浸泡6小时，捞出晾干即可播种。该产品严禁同1605农药混合使用；氨基酸复合微生气菌肥，是一氨基酸为主的有机络合微肥，含有植物营养型生长调节剂和植物必须的微量元素，适用于小麦、棉花、大豆、花生、油菜、甜菜、烟草及何种蔬菜、果树、茶树、花卉等。叶面喷施，一般每亩用120--200ml、兑水稀释300倍，隔10--15天喷洒一次，一般在作物生长期喷洒两次。浸种时将肥液稀释700-800被，种子浸泡6--8小时，捞出晾干后即可播种。拌种时将肥液稀释700-800倍，种子浸泡6--8小时，捞出晾干后即可播种。拌种时将肥液稀释100-150倍，均匀拌种，放置6小时播种。
