生物肥料生产成本低、应用效果好、不污染环境，施用后不仅增产，而且能改善农产品品质和减少化肥用量。在我国可持续发展农业中占有重要的地位。我国人口日益增多，人民生活水平不断提高，对农产品的数量和质量提出了更高要求。人耕地面积不断减少，化肥施用量增大，生产成本直线上升，环境不断恶化等，这些情况，为生物肥料提供了一个良好的发展机遇。同时，生物肥料本身的发展也为扩大应用奠定了基础。当前世界人口猛增，社会对粮食和肥料需求日益迫切。然而，作为化肥生产原料和能源的石油资源有限，依赖有限资源难以维持农业的持续性发展，而今后农业的发展方向是持续农业，因此就要发展生物肥料。生物肥料不仅可补充肥源的不足，而且有可能列为绿色食品用肥进入商品市场，成为新兴的“绿色产业”，在农业生产中发挥其引诱的经济效益、社会效益和生态效益。
1，开发绿色食品产业迫切需要生物肥料。应用生物肥料促进传统有机肥向肥料技术现代化转变。众所周知，传统有机肥的堆积方式比较落后，一般是延续近百年来的“过圈、坑沤、人挑、马拉”的生产习惯。农业技术发展到今天，有机肥的生产和使用必须向工厂化、专业化、商品化方向迈进，否则，有机肥产业将会萎缩，不利于可持续农业的发展。生物肥料的应用，可大大缩短有机肥发酵时间，利于工厂化生产有机肥，使有机肥想商品化方向发展。长期应用生物有机肥可培肥地力，净化农作物生长环境，为农业的可持续发展创造条件。随着经济的不断发展，人民生活水平的不断提高，人们对食品质量的要求越来越严格，应用生物肥料减少化肥用量，可降低农产品中硝酸盐含量，提高农产品质量，切实解决农产品有害物质超标问题，使弄产品成为真正的绿色食品。
2，生物肥料从最初的根瘤菌剂到细菌肥料，再到今天的生物肥料，从名称上的演变已说明我国生物肥料逐步发展的过程。目前国际上已有70多个国家生产、饮用和推广生物肥料，我国目前也有300家左右企业年产约数百万吨生物肥料应用于生产。这虽与同期化肥产量和用量不能相比，但的确已开始在农业生产中发挥作用，取得了一定的经济效益和社会效应。随着研究的深入和应用的需要，应不断扩大生物肥料新品种的开发。
3，由单一菌种向复合菌种转化。在这个转化过程中，一是不要单纯去追求营养元素供应水平的提高，要追求多功能，减少化学农药的施用；联合菌群的应用可使菌种某种或几种性能从原有水平再提高一步，使复合和联合菌群发挥互惠、协同、共生、加强、同位作用，排除相互拮抗的发生。二是要延长微生物在土壤中的存活时间，微生物存活的时间越长，生物肥的特效期越长。微生物在土壤中存活时间的长短，主要取决于土壤中可利用碳源水平，可在生物肥中加入一种能够分解土壤中含碳化合物的菌株，以不断供应其他微生物碳源营养，达到延长微生物在土壤中存活时间的目的。
4，由单纯生物菌剂向复合生物肥转化。由走过去单纯的硅酸盐菌剂、土壤磷活化剂、根瘤菌剂、固氮菌剂等向生物菌剂与营养元素、有机肥、抗生素等复合的复合生物肥转化。这种转化有利于实现生物肥与生物药的结合，增强肥料的多功能作用效果。
5，由单一剂型品种向多元化转化、为适应不同的条件，生物肥料除有液体剂型、草炭载体的粉剂，还有颗粒剂型、冻干剂型、矿油封面剂型等。生物肥料作为生物技术的发展及其在农业生产中的应用，正在酝酿一个良好的发展空间，由低级向高级、由低效想高效并向产业化方向发展。
21世纪，生物肥料开发对我国农业可持续发展具有重要意义，生物肥料将与化肥、有机肥一起构成植物营养之源。因此，生物肥料与化学肥料是相互配合、相互补充的，它不仅是化肥数量上补充，更主要是性能上的配合与补充。生物肥料只有与有机肥料和化学肥料同步发展，才更具有广阔的应用前景。
