微生物肥料就是含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。目前，微生物肥料包括微生物接种剂、复合微生物肥料和生物有机肥。
微生物肥料的主要功能:
1、增加土壤肥力。微生物可通过增加肥料元素含量，如固氮菌肥料中的固氮菌、根瘤菌固定大气中的氮素为植物可利用的铵态氮，也可以通过转化存于土壤中的各种无效态肥料元素为活化态元素，如解磷、解钾细菌肥料中的细菌可转化矿石无效态磷或钾为有效态磷或钾，为植物所利用。
2、微生物产生植物激素类物质。
3、产生某些拮抗性物质，抑制甚至杀死植物病原菌。
4、也可通过在植物根际大量生长繁殖成为作物根际的优势菌，与病原微生物争夺营养物质，在空间上限制其他病原微生物的繁殖机会，对病原微生物起到挤压、抑制制作，从而减轻病害。这类微生物也叫做植物促生根际菌肥。
二、微生物肥料的种类
微生物肥料的种类很多，如果按其制品中特定的微生物种类可分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料等:按其作用机理又可分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌类肥料等:按其制品中微生物的种类又可分为单纯的微生物肥料和复合微生物肥料。
