无公害农产品生产过程中，必须按照优化配方施肥技术，以有机肥为主，以保持或增加肥力及土壤生物活性为目的。所有肥料，尤其是富含氮的肥料，应不对环境和作物(营养、食味、品质和植物抗性)产生不良后果。允许使用的肥料种类有：
1、有机肥：堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、饼肥。
2、无机肥：矿物氮肥、矿物钾肥和矿物磷肥(磷矿粉)、石灰石;按土肥、农技部门指导的优化配方施肥技术方案配制的氮肥(包括碳铵、硫铵)、磷肥(包括磷酸二铵、磷酸一铵、过磷酸钙、钙镁磷肥)、钾肥和其它符合要求的无机复合肥。
微量元素肥料：以铜、锌、铁、锰、硼、钼等微量元素及有益元素为主配制的肥料。
中量元素肥料：以钙、镁、硫、硅等中量元素为主配制的肥料。
3、微生物肥料：植物生长辅助肥料，用天然有机提取液或接种有益菌类的发酵液，添加一些腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素、糖等配制的肥料(包括活性四维肥、土壤活性剂及根瘤菌、固氮菌、磷细菌、硅酸盐细胞等复合微生物肥料)。
4、复合肥料：以上述两种或两种以上的肥料，按科学配方配制而成的有机和无机复合肥料。
