微生物肥料能产生铁载体，抗生素，系统防卫酶和氰化物等多种物质，可以一直细菌或真菌性病害或诱导系统抗性间接达到促进植物生长的作用。
部分细菌能够促进植物对矿质营养的吸收和利用，或者产生促进植物生长的代谢物，甚至抑制有害微生物，被称为植物根际促生长细菌（PGPR）根据PGPR与植物的紧密程度可将其分为两大种类：①根际细菌；②内生细菌。根际细菌是指PGPR可能定植在植物根系周围土壤中的某个区域的ph值，水势，氧分压和其他物理化学性质发生了变化。根际土壤中来自根系的有机物质可占植物光合作用的30%左右。因此，根际微生物量在正常条件下比非根际微生物量岷县增多，内生细菌是指能够定殖在植物细胞间隙或细胞内，并与寄主植物建立和谐联合关系的一类微生物。用作微生物肥料的PGPR可以在植物的各个部分分离获得。
1.通过产生铁载体抑制病害
铁载体是一种低分子量配位体，可与Fe3+形成络合物，其功能是向细胞提供铁素。铁元素是所有生物细胞许多主要酶系统的一个必需成分，但生物吸收铁的能力是非常有限的。不同种类微生物产生的铁载体虽然结构各异，但主要基团大体相同，均为氧肟酸或邻苯二酸的衍生物，任何生命体都需要从外界获取铁离子作为酶的辅基，电子传递受体等以维持其新陈代谢。由于PGPR产生的嗜铁素的作用，这样存在于根周围的病原菌由于得不到足够的铁就不能进行正常的生长和定殖。
2.卵磷脂酶C和几丁质酶的抗病作用
卵磷脂酶C在几丁质酶和纤维素酶的协同作用下，作用于植物细胞膜，影响其通透性和其他一系列生理活性，强化了元生产的植物激素和抑菌物质的防病促生长作用。
3.抗生素等的抑病作用
有些微生物可以通过产生抗生素来抑制植物病害。已从栖居在土壤中的FPs和培养物种分离到多种抗生素。在离体或活体条件下检查并证实了这些抗生素及其产生菌对许多病原真菌的拮抗作用和抑病作用。
诱导系统抗性，是植物被环境中的非生物或生物因子激活产生的系统抗性，包括病原体激发产生的系统获得性抗性。微生物肥料施用后，能诱导植物产生抗性，许多与防御反应有关的细胞壁修饰的由宿主植物可诱导基因编码的各种产物将增加。
