苗圃施肥是育苗工作的重要内容，苗木对氮磷钾的需要量很大，对微量元素也有一定量的要求。对土壤缺少某些微量元素时，虽然数量很少，苗木仍不能正常生长。复合微生物肥料主要是补充苗圃基质的有益微生物不足的缺陷。复合微生物肥料中除大量的固氮解磷解钾功能菌外，还含有大量的有机质及许多微生物代谢产物，如施过复合微生物肥料，或有机肥加复合微生物肥料的苗木花卉其根，茎，叶，花等明显优于不施者几个档次就是明证，表现出根系发达，叶绿叶厚，抗病抗旱等。有机肥虽然速效养分含量少，肥效缓，但是持续时间长，而且能改善土壤理化状况，提高土壤保肥供肥能力，防治或降低土壤污染。苗圃施肥一般分为基肥和追肥两种，基肥中以有机肥为主或有机肥加复合微生物肥料，一般每亩施饼肥100-150kg或土杂肥4000-5000kg，复合微生物肥料施用量则可灵活掌握。如用复合微生物肥料一般3-5kg就有非常明显的效果。此外，施肥有利于伤根的恢复。同时还能增强苗木对病虫害的抵抗力。同时，为了保证幼苗生长能得到充足的速效养分，对于珍贵苗木或者土壤比较瘠薄的苗圃，有时也加入部分速效氮肥。
