（一） 要选择质量有保证的产品
要选择获得农业部登记的复合微生物肥料产品。实际选购时要注意此产品是否经过严格的检测，并附有产品合格证。
（二） 要注意产品的有效期
产品中有效微生物的数量是随保持时间的延长而逐步减少的。若数量过少则会失效，养分也会逐步减少，特别是氮素逐步减少。
（三） 避免阳光直晒肥料
要防治紫外线杀死肥料中的微生物，确保微生物适宜温度范围内生长繁殖。产品贮存环境温度以15-28℃为最佳。为避免在高温干旱条件下使用，应选择阴天或晴天的傍晚施用这类肥料，并结合盖土盖粪，浇水等措施，以免复合微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
（四） 禁止与土壤杀菌剂或种衣剂混合使用
果菜作物的整个生育期内应避免使用土壤杀菌剂。种子的杀菌消毒应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
（五） 保持土壤的良好状态
要通过合理施用农业技术措施，改善土壤温度，湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态，保证土壤中能源物质和营养供应充足，促使有益微生物大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好的增产增效作用。
（六） 严格按使用说明施用
无论是做拌种，基肥还是追肥施用，都应严格按照施用说明书的要求操作。
（七） 不同作物应采用不同的施用方法
茄果类，瓜菜类，甘蓝类等蔬菜，可用复合微生物肥料2kg与1亩地育苗床土混匀后做底肥或追肥。西瓜，番茄，辣椒等需育苗移栽的蔬菜，可用复合微生物肥料穴施，深度10-375px，每亩施入肥料100kg，也可与有机肥，化肥配施，施用时应避免与植株直接接触。在苗期，花期，果实膨大期进行适当追施氮肥和钾肥。芹菜，小白菜等叶菜类，可将复合微生物肥料与种子一起撒播，施后及时浇水。
