1、与绿肥混用
使用时，每亩绿肥用量拌25kg的5406菌肥，同时，配合施用石灰。可用拖拉机将绿肥耙匀切碎，几天后，5406菌即可大量繁殖。在旱地作物施用时，若把绿肥与5406抗生菌耐肥混用，穴埋或者翻犁，都可得到良好的增产效果。在100kg堆制的菌肥中加入5kg过磷酸钙覆盖在旱田作物种子上，产量也能明显增加。
2、与厩肥混用
该方法特别适用于对土质不利5406繁殖而生育期又较长的作物。因为厩肥所含养分丰富，能供给5406菌生长发育所需养分，有助于加强菌肥作用效果，促进微生物活动，增加土壤养分。
3、浸种、拌种
将菌肥加少量水，用手搓化，然后加水2倍调匀。再加入种子，充分翻拌，浸泡12h使水全部被籽粒吸收后即可播种，取出摊晾至半干播种，可使小麦增产8%-40%。5406抗生菌肥肥效持久，但是，来的比较慢，最适合作基肥施用。最好的使用方法是通过浸种后再作基肥使用。若果土壤较为干旱，最好在阴天或下雨前用作拌种，然后在种肥上盖一薄层细土，若施后遇干旱，应泼水润土。
4、催芽
麦种20kg，细肥泥10-15kg，糖2kg，钙镁磷肥2kg，5406孢子粉0.5-1kg。用水浸麦种12-24h后，再与上述原料拌合在一起，边拌边洒水，以手捏成团，触之能散为原则，以10-400px的厚度堆放在能保温保湿的场地上，经24h后，麦子大部分露白就可播种。水稻施用5406时，最好是先将水稻进行拌种、催芽然后作为追肥施用。事实证明，若以菌肥拌合少量土杂肥施用，半个月后即见效果，增产效果十分明显。
