一，生物固氮作用
某些PGPR可将空气中的分子态氮转化为有机氮，供自身和作物利用，这在很大程度上改善了作物的氮素营养，从而促进了作物增产。
二，溶磷作用
在植物根围普遍生存者能溶磷和解磷的细菌，这些细菌能够通过释放出有机酸如葡萄糖酸和2-酮葡萄糖酸来溶解无机磷，或分泌胞外磷酸酶降解有机磷，从而使磷被有效地吸收和利用。
三，产生铁载体
铁是植物的必须元素之一，某些PGPR可以通过生产和分泌各种具有高亲和力的铁载体，它能够结合三价铁并将其还原成为植物体能够高效利用的二价铁，PGPR产生的铁载体可与植物根际病原微生物争夺有限的铁营养，从而抑制了病原微生物的生长繁殖，起到生物防治的作用；同时，微生物铁载体可被生长在铁胁迫条件下的植物作为铁源直接利用，因而在植物铁营养方面也起了重要的作用，且植物可利用微生物产生铁载体螯合的铁，从而改善了植物的铁营养，有效防治碱性缺铁土壤植物缺铁失绿症的发生。
四，产生植物激素
许多PGPR可以产生植物生长素、细胞分裂素和赤霉素等，促进了植物根系的生长发育以及有效吸收土壤中的水分和养分，同时，对植物的其他生命活动进行调控。
五，促进其他有益微生物与宿主的共生
PGPR能够刺激植物根部生长，为根瘤菌的感染和结瘤提供了很多机会。生物肥料的PGPR在有些情况下可以通过刺激宿主植物和有益根际真菌的共生，如丛枝菌根（AM）可促进植物的生长。虽然AM本身就能促进植物对各种土壤营养成分的吸收（特别是土壤中的磷元素），但研究证明，接种某些PGPR能促进植物与真菌之间的共生。
