微生物肥料主要是利用微生物的生长代谢活动转化土壤物质变为植物可以吸收和利用的营养物质，还可利用微生物的生长代谢活动产生各种生理活性物质促进植物茁壮生长。尽管生产微生物肥料菌种最初均是来自于自然界，氮天然菌种的生产性能一般比较低。20世纪40年代抗生素工业的兴起，推动了微生物遗传学的快速发展，也为微生物产业优良菌种的人工选育奠定了理论基础。优良菌种的选育为生产提供了特殊类型的突变株，可大幅度提高菌种的价值，利用微生物的突变株来生产微生物肥料可以改进产品质量，还可去除不需要的代谢产物或产生新的代谢产物。自然选育、诱变育种、抗噬菌体菌种的选育、杂交育种、原生质体融合技术、基因工程等生物技术都被用于生产优良菌种。特别是基因工程、细胞工程和蛋白质工程等较为定向的生物技术的发展，使为生物肥料的菌种选育技术不断更新和发展。
一个菌种能否满足工业和农业生产的实际需要，是否有经济价值是极为重要的。工业化生产实际对生产菌种自身的特征提出了许多要求。这些要求也就成为了评价生产菌种优劣的标准和菌种选育工作的研究目标。一般来说，优良的生产微生物肥料的菌种应该具备如下的基本特性：
1，生长繁殖能力强，有较强的生长速率，产生孢子的菌种应该具有较强的产孢子能力。这样有利于缩短发酵周期，减少种子罐的技术，最终得以减少设备投资和运转费用。同时，还可以减少菌种在空大生产过程中可能发生的生产性能下降，或杂菌污染的可能性。
2,生产菌种应具有在较短的发酵周期内产生大量发酵产物的能力。发酵过程中部产生或少产生与目标产品性质相近的副产物及其他产物。这样可以提高营养物质的有机转化率，降低成本，提高产品的质量。
3，有利用广泛来源培养原料的能力，并对发酵原料成分的波动敏感性较小，使发酵可以采用价格便宜、来源广泛的原料。
4，在发酵过程中产生泡沫要少。
5，具有抗噬菌体感染的能力。
6，遗传特性稳定，以保证发酵过程能够长期、稳定地进行，有利于实施最佳的工艺控制。
以上对优良菌种特性的要求，都是菌种选育工作研究和需要解决的问题。
