肥料的施用时期随肥料的种类、品种、性质、施用方法、土壤条件、气候条件、作物种类和生长势以及产量等不同而不同。一般的原则是及时满足作物需要，提高肥料利用率，尽量减少施肥次数而节省劳力。
难溶性肥料、微量元素肥料及易挥发性肥料一般作基肥施用，施用时期较早，而但磷钾肥、微生物复合肥可作基肥和追肥施用，施用时期依具体情况而定。
一，产氮菌肥的施用时期 对于生长期较短或在生长期恰逢少雨干旱季节的作物来说，氮菌肥的施用时期宜早，一般氮肥的70%-80%应作巨肥施用，追肥宜早不宜晚；而对于生长期较长，且生长季节气候湿润的作物，如一季稻、冬小麦、棉花等，既要促进早发壮苗，又要防治前期过旺和后期早衰，因此氮肥的施用宜基肥、追肥并重，施用量一般各占50%，如水稻的追肥可推迟施用，一般分两次施用，第一次在分蘖期或拔节期，第二次在抽穗期；而对于棉花追肥可分为苗期、蕾肥和铃肥三次施用；对于那些需要氮量较多、生长季节又长的作物如甘蓝型油菜、甘蔗等，追肥的比例更大，应占60%-80%，分多次施用。甘蔗的追肥分苗肥、壮孽肥、拔节肥、壮尾肥，甘蓝型油菜的追肥分苗肥、腊肥、薹肥、花肥。苗肥要早施、勤施，以壮苗；腊肥以有机肥为主，具有保冬壮苗，促进春化作用，薹肥一般在3月上旬视油菜长势而定，可少施；花肥可促进角果多、粒多、粒重。总之，追肥的原则可概括为苗肥要早施、勤施，腊肥要重施，薹肥要稳施，花肥要巧施。对于豆科作物来说，因其能固氮，氮肥施用量较小，且60%以上应作基肥施用，如果缺氮则在花期追少量氮肥。
土壤质地不同也影响氮肥的施用时期，一般黏土基肥施用量较大，长占50%以上；壤土基肥施用量占50%左右；沙土因肥分易流失，基肥施用量以30%左右为宜。
二，产磷菌肥的施用时期 由于苗期多施作物磷素营养的临界期，苗期易缺磷，磷菌肥作基肥集中施用的效果较好，因此，磷肥的施用时期较早。在播种、插秧或移植前结合整地作基肥的施用量应占到整个生育期磷肥施用量的70%以上，对于一些难溶性磷肥，在轮作制中，可施于前茬吸磷能力强的豆科绿肥或其他作物种，促进磷的活化，有利于后茬栽作物吸收利用。当然对于这些作物来说，生长后期对磷也很敏感，如棉花在开花结铃期、大豆在开花结荚期、甘薯在块根膨大期，用少量的磷肥作追肥也有较好的增产效果。
磷菌肥作追肥施用的时期，晚玉米可追秆肥，棉花可追蕾肥，豆类可于此期追苗肥，甘薯可插植后60天追肥。
三，产钾菌肥的施用时期 钾菌肥应早施，以基肥为主，尤其对于严重缺钾的土壤或生育较短的作物更是如此。对于生育期较长的棉花或单季稻等作物可采用基肥、追肥并重的施用方法。当土壤肥沃不缺钾或施用了较多的农家肥做底肥时，可以不施钾或推迟钾肥施用时期，做早期追肥施用。钾肥也可作根外追肥施用。一般用KH2PO4，喷洒浓度常用0.1%左右，在作物生长的中后期表现出缺钾症状时使用。
除N、P、K外的其他元素肥料，包括微量元素肥料，除满足作物特定发育阶段的需求外，一般为了使用方便均可作基肥在播种或定植前施入土壤。
制订施肥计划对于科学合理地利用肥料，提高产量和质量，增加经济效益是十分重要的，应首先根据切实可行的目标定量，依据作物的需肥特性和土壤状况，以及现有肥料的种类、性质和利用率，参照集体的施肥方法，制定出施肥量和施肥时期计划，做到合理地分配肥料，提高肥料的利用率，达到提高作物产量和质量、培肥土地的目的。
