微生物肥料是靠微生物的活动发挥增产作用的，其有效性取决于优良菌种、优质菌剂和有效的使用方法。
微生物肥料必须选用质量合格的。质量低劣、过期的不能使用。微生物肥料必须保存在低温（最适宜温度4-10℃）、阴凉、通风避光处，以免失效。
微生物肥料合理使用原则是：第一，要保证微生物肥料有足够数量的有效微生物；第二，要创造适合有益微生物生长的环境条件。微生物肥料必须正确使用，尽量减少微生物的死亡。微生物肥料要求避免阳光直射；拌种时加水要适量，使种子完全吸附；拌种后要及时播种，以免种皮上微生物大量死亡。微生物肥料不可与有害的农药、化肥混合使用。
适宜的土壤环境和营养条件是使微生物肥料中有益微生物大量繁殖与发挥作用的重要条件。土壤环境包括pH、水分、通气性、温度，营养条件包括能源及各种养分。磷肥在中低肥力水平的土壤中施用效果较好。
一般微生物肥料最适宜的土壤pH为6.6--7.5.酸性土壤中微生物肥料效果较差，要施用石灰、草木灰、钙镁磷肥等，以加强微生物肥活动。
微生物生长需要足够的水分。水分不足会影响微生物的正常生长，水分过多、通气不良，会影响好氧性微生物的生长。因此必须及时排灌，保持适量水分。
作微生物肥料的微生物大多数是好氧性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等，要求土壤疏松，通气良好，施用微生物肥料必须配合改良土壤和合理耕作。
微生物生长要适宜的温度。过高、过低的温度都会影响他们的正常生长，甚至导致死亡。
微生物活动需要消耗能量。有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用微生物肥料必须配合施用有机肥料。
微生物生长需要多种养分，必须供应充足的速效氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育、提高固氮量。施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用。适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖。钼肥可以提高固氮效率。因此，微生物肥料必须与氮磷钾及微量元素等化学肥料配合施用。
