菌根是真菌与植物的共生联合体。根据形态结构菌根可分为：
1，外生菌根，菌丝在幼根表面生长，根表有一结实的菌鞘，皮层仅细胞间有菌丝；
2，外内生菌根，外形与外生菌根一样，但皮层细胞内外部有菌丝；
3，内生菌根，根的四周有意松散的菌丝网，进到皮层后菌丝继续生长进入细胞，但不进入中柱。
菌根真菌的原始体大量存在于土壤中，以厚垣孢子度过不良环境。环境适宜时萌发，菌丝与新根的表皮接触形成“附着孢”，从表皮的膨大处进入根内，浸如根内的菌丝并不影响根细胞活动。同农业生长关系密切的主要是内生菌根，内生菌根分两类，有隔菌丝的内生菌根和无隔菌丝的内生菌根。后者又称为藻菌菌根，人们根据它在根内形成大量球形泡囊和丛枝状的结构称它为泡囊一丛枝菌根，简称VA菌根。近十多年来VA菌根的研究颇受重视。
VA菌根是由内囊毒可真菌中多数属、种形成的一种泡囊一丛枝状的菌根，这类真菌在土壤内生真菌中宿主和分布范围最广。VA菌根的菌丝长而密，在土壤中可伸长至几厘米的区域，帮助根系吸收水分和养分，其中最主要的是磷，也吸收其他矿质养分。
VA菌根还能使寄主体内含有较高浓度的吲哚乙酸和细胞分裂素等生长激素。菌根菌表面有磷酸酯酶，能水解有机磷化物。VA菌根还能促进作物吸收锌、铜等养分。时间证明，有菌根的植株能慈康移栽时的不利条件，能减轻过量铝、锰或盐渍等的毒害。大量菌丝体的存在有助于形成团聚体，改善土壤结构。
目前，有关菌根菌的应用还有些技术问题没有解决，特别是VA真菌还不能在人工条件下离体培养，不能快速生长出大量廉价的菌根菌菌种。还需要筛选出菌根菌、寄主一一对应的高效菌株；确定菌根菌接种的最适田间条件。因此，菌根菌在农业生长中的应用，仍处于试验阶段。但它在前途是广阔的，未来的农业生产中很可能与根瘤菌一样实行大面积的人工接种，在充分利用土壤肥力、改善土壤结构 等方面起着重要作用，特别是豆科植物与根瘤菌配合，将进一步提高固氮能力。
