一、合理轮作换茬
这是防治连作障碍最简单有效的措施。不同的作物轮换种植可以减少病原菌的积累，减轻连作障碍的发生。例如，火葱的前茬作物以豆类、瓜类作物最佳，要避免与葱蒜类作物轮作。其中水旱轮作是目前效果最好的栽培模式，该模式对于改善土壤理化性状、提高地力、消除土壤中有毒物质、促进有益微生物活动具有积极效果。
二、土壤消毒
可以采用高温闷棚消毒处理。完全清除植株后，每亩均匀撒施生石灰等消毒药剂，然后深翻土壤至少30厘米，灌水使病原菌芽孢和线虫游离出来，最后密闭棚室。这种方法对根部病害、根结线虫的防效可达80%以上，还可显著减轻嫁接口细菌性腐烂病的发生。
三、增施有机肥
有机肥具有疏松土壤、改善微生物生活条件、培肥地力、协调土壤养分供给、保障作物健壮生长的作用，因此增施有机肥是防止土壤连作障碍的有效措施。常见的有机物料施用修复连作土壤的措施包括腐熟秸秆、沼液沼渣、腐熟堆肥等。
四、配施生物菌剂
微生物肥是通过人工培养对植物有益的微生物而研制的微生物制品。微生物饲料中富含大量的有益菌，土壤接种有益菌后，可有效抑制某些病原菌的生长，改善土壤生态环境，提高土壤自身的降解能力，防止病害的传播与自毒作用的发生。
