土壤是一个充满活力的生态系统，其中微生物是这一系统中最为关键且活跃的组成部分。它们在土壤养分循环与转化、系统稳定性维持、抗干扰能力提升以及可持续生产力形成等方面发挥着主导作用，并可通过调控土壤生态系统功能的关键过程，影响整个土壤生态系统的运行机制。
增施微生物肥料增施微生物肥料是改善设施土壤微生物平衡、提高土壤健康和生产力的重要措施。微生物肥料中含多种类型的微生物菌群和活性酶，同时富含有机质，可有效改变土壤根际微生态环境，促进养分循环，提高作物抵抗逆境的能力。
有机无机肥料配合使用有机肥既补充输入了有机碳源又改善了土壤性状，为微生物的生长繁殖及活性的提高创造了有益环境。有机肥与无机肥配合使用可增加土壤中有益菌的数量，从而使土壤微生物区系更合理。
合理耕作通过合理开展轮作种植，可为蔬菜生长提供良好的土壤环境，也能使病原菌失去原来的寄主，减少特定病原菌的积累，增加土壤微生物的多样性。间作和套种可以显著改善土壤微生物的总量，使土壤微生态环境得到极大改善。也可利用蔬菜根系分泌物具备抑制某些有害病原菌的特性进行间作套种，如采用大蒜、香葱、芹菜、茼蒿与主栽蔬菜进行间作或套种，可显著提高蔬菜产量和品质。
