土壤是人类以及所有动植物赖以生存的自然资源，在农业生产中土壤的作用更为重要，土壤内的营养物质通过植物自身的生化反应以及光合作用转化成植物生长所需的必要元素。影响土壤内营养物质的含量因素有很多，最为主要的则是土壤内微生物的数量以及微生物物种的多样性。一、土壤C、N元素
土壤微生物的数量及多样性受土壤碳元素的影响比较大,土壤微生物的种群数量和多样性会随着土壤可利用碳的减少而降低。土壤中碳的含量影响土壤中的真菌、放线菌的数量,同时也会影响放线菌和真菌的比率。
氮元素也是土壤微生物重要元素,伴随碳的利用合成微生物生长所需物质。土壤中微生物对氮源的利用能力也是不同的,一般对氮源利用速度：铵态氮、硝态氮、有机氮。并且，不同种土壤微生物其利用氮源的能力也不是完全相同的。
土壤中能够被土壤微生物吸收利用的的碳氮(C/N)比是土壤微生物活性的重要表征，对土壤微生物群落结构具有非常重要的影响。一般来说,C/N比在25～30时，土壤微生物生长较快,也可以更好地维持土壤微生物在自然生态系统中的正常的调节功能。
二、土壤pH值因素
土壤微生物群落结构的另一个影响因素是土壤酸碱度。pH值影响微生物对土壤营养的利用、微生物的吸附作用及细胞胞外酶的产生和分泌。不同的微生物有自己适合生长pH值,通常情况下，土壤中微生物大部分情况下，细菌pH7～7.2霉菌pH5.5～6放线菌pH7.2～7.6生长更好。在大多数显酸性也就是pH数值低于5的土壤中,土壤内真菌的数量相对是比较多的,所以在真菌含量多的土壤中,这些真菌所起的作用也就相对来数大一些。当酸碱度大于7时，土壤环境为碱性土壤，在土壤中细菌和放线菌的影响将大于真菌。
除了土壤含碳、氮的量和酸碱度这些因素外,土壤中的一些微生物所需的元素,如磷、硫等也会对土壤微生物生长和群落结构产生影响。此外,土壤中的钙、镁、锰、铁等自然界中金属微量元素,也会对土壤微生物的群落结构及生长状况产生影响。
