一、土壤板结
连作会导致土壤孔隙度降低、容重增加、土壤板结，使得土壤的通透性降低，影响植物根系生长和水分吸收。
二、土壤养分失衡
设施耕层中的土壤养分分布不均衡，某些元素如有效钙、镁、硅、硼等出现亏缺，而一些元素如速效磷、全氮、铜、铁和锰等含量增加，导致作物体内各种养分比例失调，出现生理和功能障碍。
三、土壤盐分积累
设施内土壤长期得不到雨水淋洗，加上化肥的大量施用，导致土壤表层盐分大量聚集，土壤次生盐渍化加重。盐分离子组成：Ca2+、NO3-、SO42-、Cl-,危害原理;离子毒害、渗透胁迫。
四、病虫害增加
连作易造成土壤病原菌增加，使得作物病虫害问题加剧。例如，十字花科的软腐病、茄果类和瓜类的痒倒病和立枯病等病害在连作条件下可能加重。
五、作物生长受阻
连作条件下，作物生长缓慢、产量品质下降。例如，连作番茄的株高和茎粗比连作1茬的明显降低，产量也降低了15%。
