土壤是耕地的核心要素，保护土壤是保护耕地的一项重要举措。土壤的耕作层是土壤组成中最宝贵的资源之一，也是决定耕地粮食生产能力的先决条件。做好耕作层土壤保护，对实现耕地数量、质量、生态“三位一体”保护、资源节约集约利用及生态环境保护都具有重要的现实意义。
目前在我国经济高速发展的背景下，农业生产技术水平飞速发展，耕地利用程度不断提高，但对土壤保护的重视程度还远远不够，导致近些年来土壤问题日渐突出。目前土壤的突出问题主要为以下几方面：
1.土壤重金属(砷、镉、汞、铜和六价铬)等有害物质出现频率增加，总体成零星点状分布，距离生活区越近，出现概率越大;
2.沿海丘陵区域的土壤酸化逐年加剧;
3.平原区域土壤板结严重，土壤孔隙率降低，保水保肥能力下降;
4.土壤的微生物(藻类、菌类等)含量降低，土壤自身的有机质含量平均水平逐年下降。
土壤保护的难点主要有以下几点：
1.涉及耕地占用和土地整治类项目等，需进行耕作层土壤剥离的相关政策文件，缺乏强制性，导致涉及耕地占用项目和土地整治项目实施中存在耕作层不剥离和走形式的现象;
2.耕作层土壤剥离的实施过程欠规范，且缺乏专业性;不区分土壤耕作层、犁底层和心土层等结构组成，盲目的进行土壤剥离，导致土壤结构破坏，耕作层得不到有效的保护，耕地数量和质量受到双重破坏;不专业的储存也会导致土壤耕作层有效成分的进一步流失和降低。
3.土壤的应用链条衔接不连贯，“来-存-去”链条不规范、不清晰。一方面，一些占用耕地的建设项目在实施前剥离出大量的土壤，无处存放、存放成本高，常年堆积如山，事后还要应对堆放区复垦问题，也是不小的负担;另一方面，未利用地开发项目、土地复垦项目、耕地提质改造项目、全域土地综合整治项目等都需要大量的耕作层土壤，却又找不到土源，高价客土，土质大部分达不到耕作层要求，导致耕地质量得不到保障。
4.一线的土地经营者对土壤和耕作层的认知程度不足，在土地利用的过程中对耕作层的保护意识不足;在耕作过程中频繁翻耕、深翻，破坏了土壤结构，影响了土壤微生物含量;单一的种植模式和高复种指数增加了耕地负担，简单通过增施化肥来缓解耕地负担的做法反而不利于耕地保护。
5.缺乏对耕地表层土壤持续的动态监测，对于正在耕种的土地，不管是农民小规模种植还是流转后的大规模集约化耕种，都没有做到土壤主要指标的年年检测，数据留存，也未有明确的多地区多样本的土壤指标数据的检测标准。
所以未来需要进一步加强政府和相关部门在土壤和耕地保护工作中的统筹安排和监督指导力度;进一步明确和细化土地整治项目规划设计中有关耕作层剥离、堆放、运输和回覆的规范及标准;其次在占用耕地剥离耕作层土壤时，最好的处理方式是及时直接将剥离的表层土壤用于土地整治项目，即“即剥即用”，尝试构建一般土壤和耕作层土壤在县域或市域内的统筹调配机制;提高土地整治和高标准农田等项目的严谨程度，以耕地、土壤和生态为核心保护对象，科学合理规划;借助土地整治和高标准农田建设项目前期设计对接的机会，在项目所在地进行土壤和耕地保护等知识普及，提高农民对土壤和耕地保护意识。
保护耕地，爱护土壤，道阻且长，规范和细化土地整治项目和高标准农田建设项目的规划设计，专业标准的做好项目实施中的土壤保护和利用，在项目实施中保护土壤，在土壤保护中促进高标准农田建设，在建设中实现耕地保护。
