设施内由于缺少酷暑严寒、雨淋、曝晒等自然因素的影响，加上栽培时间长、施肥多、浇水少、连作严重等一系列栽培特点的影响，土壤的性状较易发生变化。主要特点表现如下。
一、土壤营养失衡
冬、春季节设施内土壤温度较低，施入的肥料不易分解和被作物吸收，容易造成土壤内养分的残留。生产者盲目认为施肥越多越好，往往采用加大施肥量的办法以弥补地温低、作物吸收能力弱的不足，结果适得其反，造成营养过剩，各种养分比例不正常。
设施内作物栽培的种类比较单一，为了获得较高的经济利益，往往连续种植产值高的作物，而不注意轮作换茬。久而久之，使土壤中的养分失去平衡，某些营养元素严重亏缺，而某些营养元素却因过剩而大量残留于土壤中，产生连作障碍。
二、土壤盐渍化
土壤盐渍化是指土壤溶液中可溶性盐的浓度明显过高的现象。
设施是一个相对密闭的空间，自然降雨受阻，再加上长期的地表覆盖栽培，使土壤的盐分失去雨水的淋溶作用而大量积聚，造成土壤盐分表积现象明显。在生产中，为了防止设施内湿度增加和地温下降，人们长期采用“小水勤浇”和滴灌等灌水方式，不能把多余的盐分淋洗到土壤深层，也在一定程度上增加了盐分在土表层的积累。
盐害严重时，往往引起设施蔬菜死苗。含盐量高的设施土壤对黄瓜和番茄等果菜类蔬菜危害较为严重，具体表现为黄瓜、番茄定植后缓苗慢，叶色变深，叶片变小，缓苗后生长速度也较正常土壤中的幼苗慢。
三、土壤酸化
土壤酸化是指土壤的pH值明显低于7,土壤呈酸性反应的现象。
引起土壤酸化的原因比较多，其中施肥不当是主要原因。大量施用氮肥导致土壤中积累较多的硝酸是引起土壤酸化最为重要的原因，此外，过多地施用硫酸镁、氯化铵、硫酸钾、氯化钾等生理酸性肥也能导致土壤酸化。
四、土壤中病原菌聚集
由于设施内的环境比较温暖湿润，这就为一些土壤中的病原菌提供了越冬、繁殖的场所，使土传病虫害严重，一些在露地栽培可以消灭的病虫害，在设施内难以绝迹。如黄瓜枯萎病的病原菌孢子是在土壤中越冬的，设施土壤环境为其繁衍提供了理想条件，发生后难以根治。
