农田土壤生态系统中，土壤的耕作与管理模式对土壤生物均会产生一定的影响，促使土壤生态系统内的各种生态因子产生相应的改变，进而导致土壤生物的群落结构变化。
微生物群落结构特征
土壤作为微生物生存的重要生境，其为微生物的正常生长提供了必需的养分，可以满足多数自养微生物和异养微生物的生长。土壤微生物主要生活在土壤表层，多数以微菌落的形式分布在土壤颗粒和有机质表面或植物根际。土壤微生物的种类非常丰富，主要包括细菌、放线菌、真菌及藻类等。
土壤微生物作为土壤有机质和养分转化循环的重要动力，参与有机质的分解、腐殖质的形成、养分的转化循环的各个环节中，在土壤生态系统的能量流动和物质循环中起着重要的作用。近年来对土壤微生物的研究主要集中于农业管理措施(施肥)对其活动的影响，研究结果表明长期的无机肥料施加不但不能改善土壤理化性质，甚至会造成土壤板结等一系列问题，且氮磷的大量流失还会造成周边环境的污染。此时，有机肥的研究则称为了热点，相较于无机肥具有更多的优点，在增加土壤有机质含量的同时也提高了土壤有机质的腐质化程度，有利于形成较大的团聚体，从而更好的贮存养分和水分。在长期使用有机肥的土壤中微生物的数量明显增加，并有效增强了微生物和土壤酶的活性，也更有利于改良土壤肥力。
正是由于土壤微生物对土壤环境条件变化的敏感性，能很好的预测土壤的变化趋势，指示土壤生态系统的变化，为土壤性质的变化提供评判依据，因此常被视为土壤质量的指示指标。
原生动物群落结构特征
农业耕作管理措施对土壤原生动物的影响也非常重要，在耕作过程中的杀虫剂、肥料的使用及耕作模式的不同均会对原生动物的群落结构产生影响。相关研究结果显示原生动物的生物量在土壤环境中表现出全年的波动，当减少杀虫剂和肥料的使用后生物量会在收获和耕作后达到峰值。综合分析产生该种现象的原因，较高的生物量是由于减少杀虫剂和肥料的使用使土壤中含有更高的细菌生产率或有机质含量更高，而出现峰值则说明该时期土壤中的细菌生物量也同样达到峰值，因此以细菌为食的原生动物也出现了同样的波动。综合研究实践发现农田土壤生态系统中原生动物群落结构主要为表现为阿米巴虫(变形虫)为优势，鞭毛虫具有相当大的数量但并未成为优势，而体型较大的纤毛虫则非常少。
线虫群落结构特征
土壤线虫很小，成虫仅为0.3~5mm长，但种类繁多且数量大，每平方米土壤中约有百万个，30种以上。土壤线虫的群落结构可以很好的反应土壤生态系统的状态及干扰因素，土壤线虫具有多种功能类群，可以作为生物多样性的指示因子及土壤质量的评价指标。土壤类型对土壤线虫群落结构的影响主要体现在疏松、多孔、容重小的土壤中线虫相对较丰富，线虫的密度随着土壤有机质含量的增加而增加。除此之外，土壤密度对线虫种类也会产生一定的影响，中等密度土壤中植食性线虫数量较食细菌、杂食及捕食性线虫更多。随着线虫对土壤的作用越来越受到重视，对其研究的范围也越来越广，从对农业产生经济影响的植物寄生线虫扩大到农业管理对土壤线虫组成及多样性的影响等多个方面。
螨类群落结构特征
土壤螨类是农田生态系统的重要组成部分，为中小型土壤动物的优势类群之一，约占10.7%左右，它的存在对土壤有机质分解、土壤的形成和土壤肥力均具有重要作用，且随着人为干扰产生相应的变化，同样被视为土壤质量评价的重要生物指标。
农田生态系统作为人为扰动因素最多的一种生态系统，不同的人为活动对土壤内生物的组成均会产生相应的影响，具体表现在螨类群落结构的影响，如种植、轮作、杀虫剂的使用会杀灭较敏感的种类(甲螨)，而干旱、灌溉和施肥则会促进某些种类的生长(前气门亚目的螨类)。目前的研究实践也多集中于种植方式(犁耕、轮作等)、农作物种类、耕作管理及绿肥使用对土壤螨类群落结构的影响。
相关调查结果显示我国东北高寒地区麦田土壤动物中的优势种类包括蜱螨目、弹尾目及线虫纲三类，分别占土壤动物总数的52.19%、33.3%、13.69%。在任何土壤环境条件下螨类均为土壤动物的优势类群，通常可达30%~50%左右。土壤生境的变化导致了螨类群落结构的变化，二者在适应协同作用下形成相适应的群落结构。
