一、有机肥无害化难以保证
所谓有机肥的无害化保证，包括生产和产品的无害化。有机肥的原料来源多种多样，而其中以粪便为主的原料，味道大、虫卵多、含致病菌多是主要问题。此类型原料生产的有机肥，工艺上如果不经过严格的无害化处理，使用后会对农业生产产生更多的危害。
二、有机肥完熟性保证
有机肥生产需要经过有氧和无氧微生物的活动，分别将各类原料完全腐熟转化，经过此过程之后形成的小分子有机物才能被植物吸收利用。这一转化过程就是有机肥的熟化过程。目前有机肥的生产过程中，不管哪种形式的生产工艺，都要经历此过程。简单经过烘干处理的畜禽粪便，对含水量和微生物生长有一定的控制作用，但仍然需要经历完熟化过程。与简单堆沤相比，工厂化操作过程中利用翻堆机、发酵架等设备，能很好地实现完熟化要求。
三、有机肥对土壤和环境的污染
有机肥原料一般为工农业废弃物与生活废弃物，取材广泛，成分复杂，若处理和施用不当，会污染农业生态环境，同时，直接导致重金属、病原微生物、有机类污染物等有毒有害物质进入土壤和水体，给农业可持续发展带来不利的影响。因动物的富集作用，来源于畜禽粪便的有机肥中，铜(Cu)、汞(Hg)、镉(Cd)、砷(As)及铬(Cr)等重金属残留量与20世纪90年代初相比，显著增加;一些兽药残留和病原菌残存问题也比较突出。目前，部分畜禽粪便未经无害化处理而直接农用，加上没有严格处理的有机肥在农业中大量应用，导致近年来农作物重金属超标问题和病害爆发问题突出。随着生态农业、绿色农业快速发展，对有机肥的需求不断增加，在我国有机肥料资源丰富的背景下，如何进一步提高有机肥料生产工艺、缩短有机肥的生产时间、提升有机肥养分含量、降低肥化过程中养分损失等，都是有待进一步研究的问题。
四、商品有机肥料养分含量低、成本高
近年来，随着我国生态文明建设和绿色、循环农业的发展，畜禽粪便堆肥化利用作为一种减少或避免规模养殖废弃物直接排放污染环境，改善土壤理化性质，实现农业生产化肥减量施用和促进农业绿色、优质、高产的措施，已经越来越受到重视。但与化肥相比，商品有机肥料养分含量低、用量大、成本高、施用费时费工、劳动强度大、使用不方便，导致农民不愿意使用有机肥料。
五、有机肥使用不当，造成作物营养障碍，抑制作物生长
有些有机肥如禽粪、底肥等营养成分含量较高，一次性使用量过大时，一方面直接造成肥害，影响植株生长，甚至毁苗;另一方面使得土壤氮素硝化作用增强，造成土壤硝态氮的积累，进而可能使植株硝酸盐含量增加。而有些有机肥C/N比很高，如秸秆、堆肥等，施入土壤后由于微生物活动的需要将与作物争氮，引起氮素不足。未经处理的有机废弃物、未充分腐熟的堆肥产品都可能对种子发芽和苗期生长产生毒害作用。
