微生物有机肥料主要来源于植物和/或动物。添加了大量有益微生物并将其施用到土壤中，以提供以植物营养为主要功能的碳质物质。由生物物质，动植物废料和植物残渣加工而成，消除了有毒有害物质，富含大量有益物质，其中包括：各种有机酸，肽以及丰富的氮，磷和钾营养元素。
01、提供全面营养
微生物有机肥不仅含有作物所需的养分和各种有益元素，而且还含有很多有益微生物，综合养分比有利于作物吸收。因此，施用微生物有机肥越有利于土壤养分比的平衡，就越有利于农作物对土壤养分的吸收和利用，不会导致一定量的大幅度增加。土壤中的营养元素由于过量施用微生物有机肥料，破坏了土壤养分平衡。
02、促进土壤微生物繁殖
微生物有机肥料还含有大量有机物，是各种微生物生长繁殖的地方。根据黄景春的研究，与对照相比，深耕和微生物施用有机肥相结合，使土壤固氮细菌几乎翻了一倍，纤维素分解细菌也几乎翻了一番，其他微生物群落也显着增加。。此外，微生物有机肥料在分解过程中还可以产生各种酚类，维生素，酶，生长素等物质，可以促进作物根系的生长和养分的吸收。
03、提高土壤肥力和保水能力
微生物有机肥料具有普通优质有机肥料强大的阳离子替代能力，可以吸收更多的钾，铵，镁，锌等营养成分，并分解分解，促进污染的吸收利用，提高吸收利用率，防止淋失，提高了土壤的吸收能力。保留肥料，尤其是微生物有机肥料。另外，微生物有机肥料具有很强的缓冲能力，可以防止由于长期施用化肥而引起的酸度变化和土壤致密化，可以提高土壤自身的抗逆性，并为土壤提供良好的生态环境。
04、减少营养固着，提高营养功效
微生物有机肥料还包含许多有机酸，腐殖酸，羟基等。它们都具有很强的螯合能力，可以与锰，铝，铁等许多金属元素螯合形成螯合物，从而可以还原锰离子对作物的危害。它还可以防止铝和磷混入封闭的存储磷中，而磷很难被农作物吸收并且变得无效。并能分解磷元素，减少磷元素与铝，铁等金属元素的结合，大大提高了土壤有效磷的有效性。
05、加速土壤团聚体的形成
加速土壤团聚体的形成并改善土壤的物理和化学性质。有机-无机聚集体是土壤肥力的重要指标。其含量越高，土壤的物理特性越好，土壤越肥沃。保留土壤，水和肥料的能力越强。通气性能越好，对作物根的生长越有利。微生物有机肥料中的有益微生物是土壤中的微肥加工厂，它们不断地“制造”各种养分以供植物吸收和利用。
