自然界中，土壤是微生物生活最适宜的环境，称为“天然培养基”，土壤具有微生物进行生命活动所需的各种条件。
⑴营养土壤中动植物代谢活动的分泌物以及它们的残体，为微生物提供了丰富的有机营养。土壤矿质成分中，有微生物生长必需的硫、磷、钾、铁、镁、钙等大量元素，还有硼、钼、锌、锰等微量元素。⑵水分和渗透压土壤中含有微生物生活所需的水分，土壤渗透压适合微生物需求或能为微生物适应。⑶空气土壤团粒间充满空气，适合需氧微生物生活;团粒内部氧化还原电位低，利于微需氧或厌氧微生物生活;渍水土壤中则以厌氧和兼性厌氧微生物为主。⑷pH土壤中溶液pH一般在中性左右，且缓冲性较强，适合大多数微生物生长。在酸性或碱性的土壤中，亦有与之适应的微生物生长繁衍。⑸温度土壤温度变动幅度较小，一般是10℃～25℃，适宜多种微生物生长。土壤中微生物以细菌数量最多，为几百万个/克土至几亿个/克土，土壤中真菌含量为几千个/克土至几十万个/克土。另外许多地下害虫如地老虎、地蛆、蛴螬以及线虫等都存在于耕作土壤中。种子(苗)不仅能携带各种细菌、真菌、线虫、病毒等微生物，同时它的远距离运输是给一个地方带来新的病虫的最大的途径。
