土壤有机质既是土壤肥力的重要组成部分，同时也是作物营养的主要来源之一，有机质中含有的丰富的大、中、微量元素，也更容易被作物吸收。保护地蔬菜栽培当中，土壤有机质的主要来源还是依靠有机肥的投入，另外包括一些绿肥等。
有机肥的种类很多，其中果农使用的有机肥中，粪肥占70%以上，各种类型的商品有机肥占30%。这是因为粪肥对于土壤有机质的提升有诸多优势。
一、粪肥中养分含量全面
在使用的各类粪肥中以发酵羊粪最好。发酵羊粪含有较多的大、中、微量元素，能够提供给蔬菜果树全面的营养。
二、粪肥肥效持久
粪肥中含有的养分多为有机态，需要通过微生物不断的转化才能被吸收利用。对于生长期较长的蔬菜果树种植有较大的优势。
三、粪肥有机质含量高，改良土壤效果明显
粪肥中含量做多的是有机质，施入土壤后能够被分解成腐殖质，促进团粒结构的大量形成，同时在微生物的繁殖和分解中，能够产生大量的生长促进物质和氨基酸、活化酶类物质，保证土壤时刻处在健康状态。大棚蔬菜之所以能够连续多年种植，靠的就是每次换茬后及时补充粪肥来缓解土壤的“疲劳”，保证土壤良好运转。
由此可见，使用粪肥对于维护土壤的健康有着良好的效果。但是许多菜农果农在使用粪肥的时候会出现各种对蔬菜果树生长不利的情况，如不扎根、烧根、熏苗等等，这都是因为粪肥没有正确使用而导致的。
只要用粪肥，就要要彻底腐熟
完全腐熟的有机肥不产生有害气体、不烧根、无杂菌、分解快，利于蔬菜根系的吸收。粪肥的腐熟目前有三种常用的方法：
一是蔬菜地结合高温闷棚进行粪肥腐熟
夏季棚室休闲期长，可结合高温闷棚进行粪肥腐熟，腐熟发酵的过程也是改良土壤的过程。在发酵腐熟过程中，土壤中的微生物非常活跃，能够促进土壤团粒结构的形成。
二是露天堆沤使用菌剂快速发酵
现在不少果农喜欢使用生物菌剂对自己采购的粪肥进行发酵，一方粪肥使用一到两瓶发酵腐熟菌剂喷洒，然后喷水堆沤发酵，同样对于烘干的粪肥也可以使用这样的办法发酵。
有机肥增量使用要深翻
许多果农使用的有机肥量很大，而使用后仅用旋耕机进行翻地，从表面看有机肥被翻入土壤中了，但有机肥还是主要集中在地表10厘米左右的土层中，并没有翻入深层土壤当中，这就造成了肥料相对集中，由于养分过于集中，对根系生长产生不利影响。所以施用有机肥后应进行深翻，一般来说将有机肥均匀翻入到土壤40厘米左右的耕作层中最为适宜。
最后，要注意控制或减少向土壤中投入较多的杀菌剂。如果在土壤中频繁使用杀菌剂，势必会杀灭部分有益微生物，造成肥料效果的降低。
