化肥污染指的是农田施用大量化肥后引发的一些对土壤的危害与污染，例如改变当地土壤的酸碱度。农田不管是使用哪种品牌的的化肥，都不可能全部被植物吸收利用，都会有残余渗透进土壤下层或是根系下层而造成。可导致当地环境的破坏以及土壤河流的富营养化。食品、饲料以及饮用水中有毒成分也会增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理，对土壤对化肥的使用量也需要严加控制。
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现代农业已经偏向工业化，很多农户过于依赖使用化肥后农产品的高产，甚至过量使用化肥，使得农业系统内部结构遭到破坏，土壤基质含量下降，反而让土壤中的氮、磷、钾元素降低。亦或是造成土壤结晶化，使得农肥随着地表径流和农田排水而流失。因此在农作业的同时，对化肥的使用要严格控制使用量与浓度。
长期使用化学肥料对土壤酸度有较大影响。过磷酸钙、硫酸铵、氯化铵、氯化钾等属于生理酸性肥料,即植物吸收肥料中养分离子后土壤中H+增多。
酸性土壤上一个严重的问题是养分有效性低，而且所涉及的养分种类也比较多。例如酸性土壤普遍缺氮、磷和钾;很多土壤缺钙和镁;有些土壤缺钼。这些养分的缺乏主要是由酸性土壤组成的特性及气候特点所决定的。酸性土壤中铁、铝活性高，与磷形成难溶性的铁磷和铝磷，甚至有效性更低的闭蓄态磷，使土壤磷和施入土壤中的肥料磷绝大部分转化为固定态磷，致使绝大多数的酸性土壤都严重缺磷。
