自从化肥诞生以来，用量越来越大，也的的确确增加了产量，越来越多的农户放弃了有机肥料。但就像药物的抗生素一般，效果逐渐降低。不考虑化肥的负面影响，土地本身是否依旧健康?为此土壤质量专家们也有不同看法，部分觉得通过现代技术土壤质量并没有下降，另一方觉得土壤功能退化。
土壤质量特别是肥力质量并没有下降
我们要用全局眼光去综合评估土壤质量，土壤质量特别是肥力质量并没有下降。水肥气热平衡，能达到调控范围的土壤就是好土壤。首先，我们要区别对待传统农业下的土壤质量和现代农业高强度调控土壤性状情况下的土壤质量。土壤质量是指土壤能适量地、长期不断地稳定供应土壤水分和养分，保持一定通气性，以及提供一定热量供植物生长发育的能力。以前，人类对土壤性状调控的能力不强，农业主要依靠自然地力。从以前的传统农业发展到如今的现代农业，人类对土壤性状调控的能力大大加强，农业不再单纯依靠自然地力来支撑。其次，随着时间推移，社会发展越来越快，人类对土壤的要求越来越高了。上世纪80年代，当时建设“吨粮田”难度相当大。如今，特别是在华北、长江中下游等地区，实现“吨粮田”的难度已经大大降低。过去依靠土壤、微生物等所提供的自然养分维持300斤亩产问题不大。然而现在要实现2000斤亩产，光靠自然养分是维持不了的，必须补充养分。到底是“土地馋了，庄稼不长了”?还是没有按人们预期的目标长?
此外，如果土壤原始养分低，即使后期大量投入，作物也很难在这种土壤上生长好。由于现代农业向土壤投入的化学品逐渐增多，土壤污染特别是重金属污染以及农业化学品对土壤微生物等方面的影响确实有所增加，这就需要我们合理投入农业化学品，特别是化肥，保障整个土壤生态系统的健康。
土壤生物功能退化
“万物土中生”。优质的土壤是优质农产品产出的前提条件之一，土壤质量对农产品质量安全的意义不言而喻。土壤有机质既是植物矿质营养和有机营养的供给源，也是形成土壤结构的重要因素。因此，土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性、耕性和通气状况等。据统计，中国土壤的有机质含量约为1.8%，仅为世界平均值的一半;因土壤侵蚀、肥力贫瘠、盐渍化、沼泽化、污染及酸化等造成的土壤退化总面积约4.6亿公顷，占全国土地总面积40%，是全球土壤退化总面积的1/4。
土壤的诊断性质由描述属性和分析属性组成。描述性数据因为不能量化而被视为“软”数据，常常不能得到科学家和技术专家们足够的重视，而农民及其他直接使用土壤的人却是通过这些不能量化的指标认识土壤质量的，通过看、闻和感觉确定土壤质量。
“瓜不香、果不甜”是很多人的直接感受。加拿大有研究表明，1951年两个桃的维生素A含量相当于2002年的53个桃子的含量，1个橘子维生素A的含量相当于2002年的10个橘子的。就中国而言，2002年，中国的蔬菜、水果、谷物、肉等食物钙含量，都较1963年下降了13%~86%;铁含量下降了7%~78%。与之相对应的一组数据，全球性土壤矿质元素正面临下降趋势，北美100年下降了85%，南美和亚洲下降76%。因土壤矿质元素含量下降，加之施肥不合理，导致农产品中各种矿质和维生素等有益植物化学物质含量下降，直接引起植物健康程度下降，对病虫害抵抗力下降，加之农药使用频次和量加大，农残问题日趋严重。甚至有的地区在长期高强度化肥、农药的投入下，土壤生物功能退化，成为“死”土壤。
第二次全国土壤普查已过去三十多年，至今没有启动新的土壤普查工作。虽然国土、农业、环保部门前几年开展了国土生态调查、土壤环境污染调查等，但对于土壤健康密切相关的生物学指标鲜有涉及。
