1.施肥不合理
设施蔬菜种植中，农户为获得高产，盲目施用大量化肥，且一般蔬菜栽培周期短，导致大量化肥没有被蔬菜吸收而残留在土壤中，这是导致土壤盐渍化、酸化的直接原因。
2.设施内环境封闭
设施栽培中，无论大棚还是温室都形成了一个相对封闭的环境，棚内温度和湿度都相对较高，不仅加强土壤矿物质的分解，也增强了蒸腾作用，使土壤下层中的盐分随水分上移并积累，大量施入的化肥盐分无法排出，引起土壤表层积盐。此外，密闭的温室土壤得不到雨水淋洗，人工灌溉仅涉及到表耕层，无法使多余盐分淋洗掉。因此棚内高温高湿和无降雨淋洗成为设施土壤盐渍化的一个重要成因。
3.灌溉不合理
大水漫灌，频繁灌水，会使土壤团粒结构被破坏，土壤通透性会降低，盐分不但不能移动到土壤深层反而随毛细管水上升到土壤表层，加之有些地方井水中盐分含量偏高，频繁使用井水灌溉增加了土壤表层盐分浓度，加剧土壤板结和盐渍化的形成。
