土壤消毒可使蔬菜土传病虫害发生概率明显下降，而且植株生长旺盛，产量也大大提高。夏季歇茬期正是进行棚室土壤消毒的最佳时期，要根据实际情况选择合适的土壤消毒剂，科学地为土壤消毒。
首先，施用土壤消毒剂前要精细整地。在蔬菜拔园后立即将废菜苗运到棚外，放在远离棚室的地方集中销毁。在施用土壤消毒剂前先进行深翻(约30厘米)，再用旋耕机旋地，使土壤颗粒细小而均匀。这样在一定程度上能充分发挥土壤消毒剂的效果。注意，土壤消毒剂要在粪肥施用后施用，同时增施生物菌肥。
其次，保持适宜的土壤湿度。消毒时土壤湿度应保持在60%～70%。如遇连续晴天，湿度达不到60%就需要提前浇地。浇地后3～4天(湿度以手捏成团、1米高处落地能散开为标准)，各种病原菌及根结线虫对药剂处于敏感状态，杂草种子准备萌芽，更容易被土壤消毒剂杀死。
第三，正确覆盖塑料薄膜。施用土壤消毒剂后覆盖的塑料薄膜不能太薄，最好用无透膜(不透气)或厚度在0.04毫米以上的塑料薄膜。塑料薄膜四边要压好，注意不能有破损，最好用新膜，以防止漏气而降低消毒效果。从旋耕到覆膜最好在2～3小时完成。
第四，保持一定的覆膜时间。施药后覆膜时间长短依温度而定，温度在30℃以上时，覆盖7～12天;温度在15℃～30℃时，覆盖12～15天。当覆盖时间达到上述要求天数时，可揭去薄膜，按照同一深度(30厘米)进行松土，确保充分透气一周以上，保证药剂无残留再进行定植。
