有机肥料，对农田的特殊贡献，主要表现在土壤和作物两方面。
一、土壤方面
提高土壤的培肥地力作用
土壤中的95%微量元素，不能被植物直接吸收利用。有机肥料里含有大量的有机酸类物质，这些物质很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖
有机肥料可以使土壤中的微生物大量繁殖，特别是许多有益的微生物，这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，微生物的活动，既增加了土壤的透气性，又能让土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
二、作物方面
提供农作物所需全面营养，保护作物根茎
有机肥分解释放的二氧化碳可作为物光合作用的材料。有机肥还含有氮、磷、钾5%三要素，有机质45%，可为农作物提供全面的营养。
同时，不得不提的是有机肥在土壤中分解，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附性能，对重金属离子有很好的络合吸附作用，能有效地减轻重金属离子对作物的毒害，并阻止其进入植株中，并且保护植腐殖酸物质物的根茎。
增强农作物抗病、抗旱、耐涝能力
有机肥含有维生素、抗生素等，可增强农作物抗性，减轻或防止病害发生。有机肥施入土壤后，可增强土壤的蓄水保水能力，在干旱情况下，能增强作物的抗旱能力。
同时，有机肥还可使土壤变得疏松，改善作物根系的生态环境，促进根系的生长，增强根系活力，提高作物耐涝能力，减少植物的死亡率，提高了农产品的生存率。
提高农作物产量
有机肥中的有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。
提高食品的安全性、绿色性
国家早已明文规定：农业生产过程必须限制无机肥料的过量使用，有机肥料才是生产绿色食品的主要肥源。
