土壤中存在的有益微生物包括：
1.固氮菌群。
氮气是空气中的主要成分，占空气总量的4/5。然而由于氮气分子被三条“绳索”——化学键所束缚，因此大部分植物只能“望氮兴叹”。固氮菌的本领在于它有一把“神刀”——固氮酶(含有铁、钴、钼)，可以轻易地切断束缚氮分子的化学键，把氮分子变为能被植物消化、吸收的氮原子。
2.硝酸菌群。
硝化细菌是一种好氧性细菌，包括亚硝酸菌和硝酸菌，生活在有氧的水中或砂层中，在氮循环水质净化过程中扮演着很重要的角色，可转化有毒氨气为硝酸态氮，供植物吸收。
3.光合成菌。
光合成菌在淹水缺氧的条件下可利用硫化氢、二氧化碳、水及日光或热能，将其转化成单醣类及硫酸根，其中的硫酸根能与氨合成为硫酸氨，成为植物的养分，同时产生葡萄糖，又使硫化氢、氨气的毒性从泥水中消失。
4.溶磷钾菌群(巨大芽孢、胶冻样芽孢)。
大多数土壤本身含有大量钾，但相当一部分的被固定，在整个生长季中对植物有效的比例不大。土壤中钾素以三种形态存在：无效态、缓效态和有效态。施入解钾菌肥可以将土壤中的缓效钾溶解出来，增加土壤中钾(K)元素的来源。而磷肥施入土壤后，非常容易与土壤中的正离子(钙、铁、铝、镁等)结合，形成不溶性的磷化合物，如磷酸钙、磷酸铁、磷酸铝等，且磷素在土壤中的移动性较差，不易流失而常在农田中累积。溶磷菌会分泌有机酸类等物质，溶解土壤中作物不易吸收的钙磷化合物、铁磷化合物及铝磷化合物，促使土壤无效磷的溶解及利用。
5.放线菌群。
说起放线菌，就要提到一些抗生素，最常见的比如人用头孢霉素、螺旋霉素、庆大霉素、利福霉素、链霉素等，生产抗生素的主角就是功勋赫赫的放线菌。
6.枯草杆菌群。
枯草杆菌群是芽孢杆菌属的一种，可以利用菌体自身合成化糖酶、蛋白酶、脂肪酶、核酸酶等酶类，供给植物养分，也可以激活植物的天然防御机制，使植物免受病原物危害，并且在发酵过程中杀灭发酵物中的病虫卵。
7.乳酸菌群。
乳酸菌群可加速土壤有机物的分解，使有效养分含量明显增加，具有改良土壤、提高肥力、抑制有害微生物生存与繁殖、减轻并逐步消除土传病虫害和连作障碍、抑制与消除杂草生长、增强植物代谢功能、提高光合作用、改善农产品品质等效果。
8.酵母菌群。
酵母菌群是一些单细胞真菌，能在其他细菌增殖的同时提供重要的给养保障。同时，酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有杀菌作用，能抑制有害微生物活动、致病菌增殖和无机物腐败，并能使木质和纤维素有机物发酵分解，有利于动植物吸收。
9.生长菌群。
土壤中存在许多可促进植物生长的植物根圈微生物，可诱导植物产生抗性基因，有助于植物增产，改善对化学肥料的依赖。
