《管理办法》在资金的管理方式上，提出“财政部将合作组织发展资金切块下达各地财政部门”“合作组织发展资金由各地财政部门实行项目管理”。
“项目管理是财政支持的方向，有利于明确财政资金使用用途、提高资金的使用效率，有利于相关部门更好地通过项目对资金效用进行监管和评估。”任大鹏认为，合作社要更多从自身实际需求出发，合理地申请项目财政支持。“财政资金切块到各地财政部门，有利于地方政府更好地切合当地实际，发挥财政扶持作用。但也要注意防止‘权力寻租’的现象。”
李中华指出，项目管理是发展趋势，但在项目的运行过程中，财政部门应多与农口、工商、税务等部门沟通协作，充分借鉴前不久成立的部际联合会议制度，在地方政府一层，也能加大部门相互之间的沟通、交流与合作。
——监查更加实际和严厉
为使财政资金真正地发挥作用和落到实处，《管理办法》对监督检查工作提出的要求更加实际，并指出“特别是要充分发挥乡镇财政就近就地监管优势，切实加大巡查检查力度”。
“发挥乡镇财政的作用，是因为其位置比较好，更容易与基层接触、交流、合作与指导，项目跟踪效果也更好。”李中华说，但相对而言，基层乡镇财政的人力还是比较有限，建议还是加大与其他部门的合作，发挥好“点、线、面”的关系。
与之相应，《管理办法》对违反相关规定的处罚力度进一步加大，指出“对违反本办法及相关法律法规制度规定，虚报、冒领、截留、挤占、挪用资金的，依照《财政违法行为处罚处分条例》(国务院令第427号)等有关规定追究法律责任”。
徐旭初指出，《管理办法》之所以强调这一点，是因为长期以来，财政支农的使用效能不尽如人意，虚报、冒领、截留、挤占、挪用资金的现象时有发生，因此要加大问责和惩罚力度，使财政支持项目资金能真正落到实处和发挥效能。
